两者提出的名义不同：
提案是政协的参加单位和委员向政协全体会议或常务委员会提出的; 建议案是以政协名义向同级党政领导机关等提出的建议。
审议的机构层次不同：
提案是经提案审查委员会或提案委员会审查立案;建议案是经政协全体会议、常务委员会或主席会议审议通过。
承办的机关也不完全相同：
提案是根据提案内容，确定承办单位，由提案交办会或提案委员会交付承办单位办理，承办单位在提案交办之日起5个月内正式答复提案者;建议案是由政协办公厅以正式文件送达有关方面或部门研究办理，有关方面或部门必须以正式文件形式尽快作出答复。
政协提案是政协委员向人民政协组织，并通过政协组织向人民代表大会或人民政府就有关国家或地方大政方针、社会生活等重大问题提出意见和建议的形式。
政协提案实行提出提案的时间不限、内容不限、人数不限的“三不限制”原则。提出提案一般有四种形式：政协委员以个人或者联名方式提出提案;政协全体委员会议期间以小组或者联组名义提出提案;参加政协的各党派和人民团体，以本党派、团体名义提出提案;政协各专门委员会以本专门委员会名义提出提案。提案办理有专门机构负责，要求件件有着落，案案有答复。
政协建议案是以人民政协组织的`名义向人民代表大会及其常务委员会或政府提出的建议。建议案须经过政协全体会议或常务委员会或主席会议讨论通过。