公司章程的修改应依照以下程序进行：
1. 由公司董事会作出修改公司章程的决议，并提出章程修改草案。
2. 股东会对章程修改条款进行表决。有限责任公司修改公司章程，须经代表三分之二以上表决权的股东通过;股份有限公司修改章程，须经出席股东大会的股东所持表决权的三分之二以上通过。
3. 公司章程的修改涉及需要审批的事项时，报政府主管机关批准。如股份有限公司为注册资本而发行新股时，必须向国务院授权的部门或者省级人民政府申请批准;属于向社会公开募集的'，须经国务院证券管理部门批准。
4. 公司章程的修改涉及需要登记事项的，报公司登记机关核准，办理变更登记;未涉及登记事项，送公司登记机关备案。
5. 公司章程的修改涉及需要公告事项的，应依法进行公告。如公司发行新股募足股款后，必须依法定或公司章程规定的方式进行公告。
6. 修改章程需向公司登记机关提交“股东会决议”及“章程修正案”，若涉及登记事项，须有公司法人签章方可完成变更。
更多知识：
【变更公司章程的程序】
1、提议修改公司章程
一般由董事会提出修改建议。董事会是公司经营的决策机构，对公司经营情况以及章程的执行和变化情况较为了解，能够对公司章程的修改提出具有积极意义的建议。根据《公司法》第47条和109条的规定，董事会召集股东(大)会。但是修改公司章程事关公司发展的大局，不得在会间的临时提出。
如果董事会怠于提出修改公司章程的提议，股东可以提出修改提议。并且在董事会不主持和召集股东(大)会情况下，股东可以自行召集和主持临时股东(大)会。有限责任公司代表十分之一以上表决权的股东可以提议召开以及召集和主持临时股东会;股份有限公司单独或者合计持有公司百分之十以上股份的股东，可以提议召开以及召集和主持临时股东大会。
2、将修改公司章程的提议通知股东
公司章程修改属于股东(大)会会议审议事项。有限责任公司应当于会议召开十五日前通知全体股东;股份有限公司应于会议召开二十日前通知各股东，临时会应当于会议召开十五日前通知各股东，发行无记名股票的，应当于会议召开三十日前公告。负责通知义务的主体，一般是董事会。但是在监事会或者股东召集和主持股东(大)会时，则由其通知。
3、股东(大)会决议
一般情况下修改公司章程需要股东(大)会决议。公司章程修改属于股东(大)会的法定职权。我国《公司法》第38条和100条规定了股东(大)会修改公司章程的职权。有限责任公司章程修改需经代表三分之二以上表决权的股东通过，股份有限公司章程修改需经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过。
但是，有些情况下公司章程修改并不需要股东会决议。有限责任公司股东转让股权后，公司应当注销原股东的出资证明书，向新股东签发出资证明书，并相应修改公司章程。对公司章程的此项修改不需要再由股东会表决。
4、种类股股东的同意
根据《公司法》第130条规定，股份有限公司可以发行记名股票、无记名股票和其他种类的股票。当公司章程的修改涉及到种类股股东的利益时，我国公司法没有规定章程修改需要经过种类股股东同意这一程序。
5、特定章程变更事项应经主管机关审批
股东大会决议通过的章程变更事项应经主管机关审批的，需报主管机关批准。
6、特定章程变更事项的公告
章程变更事项属于法律、法规要求披露的信息，按规定予以公告。比如经营范围是章程必须记载事项，经营范围的重大变化，应当予以公告。《证券法》第67条第1项规定：公司的经营方针和经营范围的重大变化，应当予以公告。
7、公司章程变更登记
公司章程变更后，公司董事会应向工商行政管理机关申请变更登记。公司变更登记事项涉及公司章程的，应当向公司登记机关提交由公司法定代表人签署的修改后的公司章程或者公司章程修正案。公司章程修改未涉及登记事项的，公司应当将修改的公司章程或者公司章程修正案送公司登记机关备案。