在起草或修改有限责任公司章程时，首先要进行整体考察和判断，如股东人数，注册资本额，总投资额，行业、投资者经济实力、经历、知识结构和个性，投资者之间以往的合作关系和私人关系等。下列是应特别注意的事项。
(一)公司章程对人的效力范围
《公司法》第11条规定，公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。
关于“高级管理人员”，公司法没有界定，可以在章程中约定，如：包括公司总经理、副总经理、财务负责人、人力资源负责人、产品销售部门负责人等。
(二)关于营业范围
营业范围有市场识别的功能。在交易活动中，章程有界定公司能力和责任范围的功能，从而使与公司交易的相对人识别公司。公司的外部表象具有重要作用。而这些外部表象最明显的形式就是公司对外公示的章程。
虽然各国已经先后废除了“越权无效原则”，但公司目的范围条款(营业范围条款)仍然相当重要。公司章程所规定的目的范围条款是公司法对公司权利能力的限制。设立的公司一般都在章程中规定目的范围条款，这也是各国公司法的要求。
1、它是公司对外行为能力的表征，也向世人宣传公司的能力。
2、在对外功能上，目的条款一方面保护公司的出资人，他们愿意投资这个公司，是基于知道资金运用的领域和目的，是基于对章程所订明的营业项目的兴趣、了解和信任，知道资金投向，譬如他们相信电子领域赚钱而投资，如果却今天将钱投入房地产，明天将钱投入航海，对公司出资人保护是没有保障的。
3、通过告知与公司交易的第三人来保护该第三人，第三人也因此更相信公司及愿意与公司交易，这样公司才能发展。
4、更重要的是，公司目的范围条款(营业范围条款)是公司董事、经理是否越权的重要依据，各国公司法均规定，董事、经理超越公司目的范围条款(营业范围条款)的行为给公司造成损失的，可追究当事人的责任。
对公司的营业范围，市场经济国家几乎没限制，只要不危害国家和他人利益都可以做，依法纳税就可以了。我国公司法第十二条规定： 公司的经营范围由公司章程规定，并依法登记。公司可以修改公司章程，改变经营范围，但是应当办理变更登记。公司的经营范围中属于法律、行政法规规定须经批准的项目，应当依法经过批准。
公司的经营范围越广，经营可更灵活，但投资者难预见资金的运用，公司的营业项目可能过于分散;经营范围窄，营业领域相对集中，投资者和与公司交易的人对公司了解更易，但相对不够灵活。各有利弊。在公司成立制定章程时，应根据股东及公司治理的特点而定。
(三)关于注册资本及出资时间的约定
1、2013年12月修改的公司法将注册资本实缴制改为认缴制，但仍必须明确注册资本额。注册资本的多少，根据公司资金需要而定，并非越高越好，注册资本投入后是不得抽走的。一次性投入过多，造成资金闲置和浪费，但亦非越低越好，过低业务无法开展，过低确也影响公司交易相对人对公司实力和信心的确信。
2、金额大的可约定分期投入。如果分期投入，应明确投入时间、金额。可以是具体的时间，也可以仅规定具体出资时间由董事会决定。应该规定每次出资，各股东应按认缴的比例同时缴纳。
3、应约定如果没有按时出资的违约金，如按每天万分之五向按时出资的股东计付违约金。经守约方催告后仍不足额投资的，守约股东有权(但无义务)按实际投入资金的比例调整股权比例。
4、应约定在足额缴纳出资之前股东的投票、利润分机制，如股东按截止当时实际出资比例行使投票权和分配利润。
5、可以对足额缴纳出资之前股权的转让设置限制。可设定股东在足额缴纳其认缴的出资之前不得转让股权或约定股东在足额缴纳其认缴的出资之前转让股权的应以受让人受让股权后立即缴足转让人尚未缴足的出资为条件。因为根据最高法院关于公司法司法解释三第十三条，股东未履行或者未全面履行出资义务，公司或者其他股东请求其向公司依法全面履行出资义务的，以及公司债权人请求未履行或者未全面履行出资义务的股东在未出资本息范围内对公司债务不能清偿的部分承担补充赔偿责任的，可以请求公司的发起人承担连带责任。
如果转让人和受让人都不出资，作为公司的发起人的其他股东会承担很大风险。
6、对一些项目公司而言，为了防止公司的投资总额增加而届时无人投资造成烂尾，可以约定项目的投资总额增加时，或法律规定公司应按照增加的投资的比例增加注册资本的或公司股东会决定公司应增加注册资本的，双方应按原股权比例认缴增资;如果一方不按时增资或增资不足额的，守约方有权(但无义务)按实际投入资金的比例调整股权比例。
(四)关于注册资金外的建设及经营资金筹措
根据股东责任有限原则，对注册资金外的建设及经营资金的筹措，如果没有约定，股东没有强制的义务。但公司的事业，只有注册资本往往是不够的。公司所需的资金除双方投入的注册资本外，其余尽可能由项目公司通过向金融机构或其他机构融资解决;如果融资机构要求必须股东提供担保，双方应按股权比例提供;当项目公司向金融机构融资遇到困难时，项目建设及经营所需的其他资金由各股东以自身名义筹措和投入，由股东以向项目公司提供股东贷款的方式投入，资金应按比例同时投入，并且以满足项目建设及运营的资金需求为原则，不得对项目的建设进度造成不利影响。以股东贷款方式进行融资的，贷款年限、利率等具体事宜由公司股东会决定，由公司分别与个股东签署股东贷款协议。如果一方不按比例提供担保或不按比例提供股东贷款的，守约方有权(但无义务)按实际投入资金的比例调整股权比例。
(五)关于董事会、监事会的组成及产生
对此问题，大股东和小股东的立场应不同。
1、为保护小股东，对董事、监事的产生可采用累积投票制，这是一种好办法。
2、有限公司可以在章程和合同中对董事、经理、监事、财务负责人等公司重要职位的产生作出明确约定，明确个股东委派或提名或推荐的名额。这一安排比累积投票制更方便、更直接、更有效，在现实中已普遍采用。这一做法的理论根源是“权力制衡”机制。无论是政治团体还是经济团体，要想高效运作、稳定发展，就必须清除“绝对权力”，因为绝对权利势必导致利益的失衡。实现利益平衡的唯一有效途径就是权利制衡。公司内部决策、执行、监督“三权分立”又“三权制约”的现代科学管理体制公司权力制衡只是外在表现形式。而真正实现利益均衡和制约的内在要求在于“内部有自己的人”。此举可以有效防止大股东专权，避免了大股东不准小股东查帐、大股东非法转移财产、隐蔽分利等现象的发生。如果僧多粥少，可以增设若干监事，使每一股东均有机会委派人员参与公司运营。
3、为防止任人唯亲和滥竽充数，可以对董事、经理等的任职资格和条件作出明确规定。如有一公司两个股东(两个男人)，章程规定，除非经股东一致同意，股东的配偶不得在公司担任董事、经理、监事或财务负责人。
4、为有效控制公司管理成本和防止大股东变相私分公司利润，可对董事经理等报酬标准作出原则性约定。以前曾有不少外资公司，由于公司章程和合同没有对董事经理等报酬标准作出规定，作为大股东的外方所委派的董事、经理的薪酬是中方委派的人员的数倍，严重同工不同酬，大股东变相私分公司利润。
(六)对关键的经营管理人员的选任可以原则约定
如公司总经理及财务总监、财务负责人由甲股东委派。乙股东向项目公司委派副总经理1名，HR负责人由丙委派。其他管理人员由项目公司聘任。如果没约定，在控股股东在董事会占多数的情况下，不明说即意味着控股股东有全部主导权。
(七)股东会与董事会职权的划分
哪些事项由股东会决定，哪些事项由董事会决定，应小心设置。如：《公司法》第16条第1款和第2款将为他人提供担保的权利交给公司章程决定，公司可以担保之决定交给股东会或董事会，对担保总额及单项担保的数额可进行限制。
(八)股东会中决定权与否决权之争
需要公司股东会占多少比例表决权通过的事项，根据己方在公司所占股权比例而定，大股东争取确保即使小股东反对也能通过，而小股东要确保重大事项有否决权。
根据公司法，有限公司只有对下列事项作出决议时，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过：(1)修改公司章程，(2)增加注册资本，(3)减少注册资本，(4)分立，(5)合并，(6)解散，(7)变更公司形式。假如股东甲占70%、乙占30%，如果章程和合同没有作特别的规定，则意味着上述关系公司前途命运的大事，甲一人便可决定，其它事项，只要占51%股份的股东通过即可。乙30%投票权实毫无意义。国外有特别决议(special resolution)和普通决议 (ordinaryresolution)之分，特别决议需有75%以上表决权的股东通过，普通决议则简单多数通过即可。
小股东应争取下列事项有否决权：
(1)决定公司的经营方针和投资计划;
(2)选举和更换非由职工代表担任的董事、监事，决定有关董事、监事的报酬事项;
(3)审议批准董事会的报告;
(4)审议批准监事会或监事的报告;
(5)审议批准公司的年度预算方案、决算方案;
(6)对公司发行债券作出决议;
(7)对公司增加或者减少注册资本作出决议;
(8)对公司合并、分立、解散、清算或者变更公司形式作出决议;
(9)修改公司章程;
(10)对公司利润分配方案和弥补亏损方案及法定公积金、任意公积金作出决议;
(11)对公司转让、受让重大资产做出决议;
(12)对公司提供担保事项做出决议;
(13)对公司设立分支机构事项做出决议;
(14)对公司改组、整体承包或出租、重大投资、重大合同有关事项做出决议;
(15)对公司关联交易事项做出决议;
(16)对公司聘用、解聘会计师事务所做出决议。
(九)董事会中决定权与否决权之争
我国《公司法》第49条就规定，董事会的议事方式和表决程序，除本法有规定的外，由公司章程规定。董事会必须经在任全体董事多少人数通过方有效的事项，根据己方在公司所占股权比例而定，大股东要确保即使小股东反对也能通过，而小股东要确保重大事项有否决权。如在一家房地产公司，小股东争取到下列事项有否决权：
1)决定公司的经营计划和投资方案;
2)制订公司的年度财务预算方案、决算方案;
3)制订公司的利润分配方案和弥补亏损方案;
4)制订公司增加与减少注册资本以及发行公司债券的方案;
5)制订公司合并、分立、解散或者变更公司形式的方案;
6)决定公司内部管理机构的设置;
7)决定聘任或解聘公司总经理及其报酬事项，并根据总经理的提名决定聘任或者解聘公司副总经理、财务负责人、[……]及其报酬事项;
8)制定公司基本管理制度;
9)决定公司金额在[ ]万元以上的工程招投标;
10)决定规划设计单位招标(或确定规划设计单位);
11)决定建筑设计单位招标(或确定建筑设计单位);
12)决定施工单位招标(或确定施工单位);
13)决定监理单位招标(或确定监理单位);
14)决定公司金额在[ ]万元以上的原材料采购、设备采购安装合同;
15)确定总额在[ ]万元以上的工程款支付;
16)决定公司的融资方案;
17)决定公司的招商方案;
18)决定销售代理商，并审核销售代理方案;
19)决定产品销售定价及其它处分事宜;
20)决定物业管理公司的选聘;
21)其他
(十)股权转让的限制
有限责任公司具有人合性质，根据是《公司法》第7条规定“公司章程对股权转让另有规定的，从其规定”。如在一定年限内不得转让给第三方或设定一定程序，对受让人的条件(如国籍)做些限制，董事、监事、高管在任职期间不得向现有股东之外的人转让或转让后所持股份不得少于一定量等。
在公用事业特许经营项目中，政府通常会要求中标人对项目公司的股权转让有特别的.限制，如在项目竣工正常运行前不得转让，在特许经营期内持有的股权不得少于一定比例(如60%)。因为政府招标的目的是通过公开公平公正招标程序，选择到最有经济实力、最有相关经验的、价格最合理(不一定价格最低)的项目投资者、组织者和经营者，将合同授予它，通过合同赋予特许经营权并设定相关义务和责任，以使项目能按招标人的要求按时竣工运营和按约定的条件为社会提供产品或服务。政府看中的是中标人的经济实力、经验和技术，如果中标人将股权全部转让给无经验无技术的人，招标和特许经营的目的便落空。
另一方面，理论和实践普遍认为，公司章程不得做禁止转让的约定，除非其他股东同意按转让方的条件受让。限制的有效性有其法律标准，即如果章程规定的限制使股东根本不可能出让其股份，这种限制就没有法律效力。
案例：有限责任公司A股东要转让股份，在其他股东不购买的情况下将股权转让给公司之外的第三人B，签订合同并支付了股份价款。其他股东对此提出异议，认为转让无效，理由是：公司章程中规定，本公司股东的股权只能在公司内部转让，不得转让给公司之外的第三人，但A认为转让时有效的，理由是按照《公司法》第72条第2款的规定，“股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起三十日未答复的，视为同意转让，其他半数以下不同意购买的，不同意的股东应当购买该转让的股权;不购买的，视为同意转让”，并且A已经按照公司法规定的程序进行了通知。
(十一)股东知情权
公司法第三十三条：“ 股东有权查阅、复制公司章程、股东会会议记录、董事会会议决议、监事会会议决议和财务会计报告。股东可以要求查阅公司会计账簿。股东要求查阅公司会计账簿的，应当向公司提出书面请求，说明目的。公司有合理根据认为股东查阅会计账簿有不正当目的，可能损害公司合法利益的，可以拒绝提供查阅，并应当自股东提出书面请求之日起十五日内书面答复股东并说明理由。公司拒绝提供查阅的，股东可以请求人民法院要求公司提供查阅。”
公司法没有规定股东是否可以复制公司会计账簿，也没规定是否可以查阅、复制原始凭证，在现实中，小股东由于没法复制公司会计账簿，无法查阅、复制原始凭证，根本无法行使知情权，起诉也无证据。因此章程可以约定，还可以约定股东可以聘请会计师事务所进行审计。
(十二) 约定大股东有忠实的义务
大股东的忠实义务的定位左右着大股东与小股东的关系，因而是契约性保护机制的核心条款。其理论依据在于：首先，大股东拥有公司的支配权，通过支配权行使获得了优越的地位，保持优越地位的人依照“衡平法”的一般原理负忠实义务;[2]其次，大股东通过支配权参与公司的经营，与董事、高级职员一样有着受托者身份。小股东愿意将钱投进来与大股东合作，这本身就是对大股东的信赖，因此大股东不应辜负这种信赖，当然应负忠实义务。
大股东忠实义务的内容至少应包括：
(1)大股东的竞业禁止义务，禁止或不经公开程序并经小股东同意不得进行关联交易，大股东自己另外单独拥有的营业与公司的营业存在竞争关系时，得严格明确业务区分的界限，大股东或它的其他子公司在与公司发生交易时必须得经小股东批准;(2)禁止公司的任何资源为大股东的的单独利益被加以利用或纯粹为大股东的利益使公司及其财产处于风险境地，大股东不得以任何方式占用公司的资金和其他资产，不得让公司为其债务提供任何形式的担保;(3)大股东不得侵占公司的商业机会，否则所得利益归回公司并赔偿公司的损失;(4)大股东在行使表决权时，不得作出有损于公司和其他股东合法权益的决定。
(十三)表决权排除的安排
表决权排除是指某一股东与股东会议、某一董事与董事会议讨论的决议有特别的利害关系时，该股东、董事不得行使表决权。包括股东表决权排除和董事表决权排除。例如，凡解除股东(包括股东的关联企业或亲属，下同)的责任，公司对股东行使权利，免除股东对公司所负义务，批准股东与公司间订立的协议，该股东及其代理人均不得行使表决权。通说认为，在涉及利益分配或自我交易的情况下，股东个人利益与公司利益存在冲突，因此对利害关系股东实施表决权排除是必要的。同样，关于董事的表决权排除，也应在合同或章程对利害关系作具体的界定，通常不仅包括董事本身，还包括其所委派的股东、其亲属。董事往往会利用其地位和手中的权力为自己或其亲属或其“恩主”谋取不合理的利益，大股东常利用董事会来控制公司，利用在董事会上的表决权从事关联交易，损人利己。
表决权限制制度相对地扩大了小股东的表决权，在客观上保护了公司和小股东的利益。
(十四)小心设置会议召开的法定比例和人数
我国公司法没有就有限责任公司股东会议、董事会议召开的法定股比、人数作出限定。而实际中往往存在大股东利用优势任意召开股东会、董事会，剥夺小股东开会权、表决权的情况。因此，可以在契约性文件中对股东会召开股比、董事会召开人数予以适当限定，确保小股东有出席会议的权力。首先看股东会议召开的股比限定，譬如，A占60%的股份，B与C分别占20%的股份，如果欲保障A、B、C均有开会权，就应当在公司章程中或股东协议等契约性文件中约定：会议必须有占81%股份的股东出席才可召开。至少应规定会议必须有占61%以上股份的股东出席方可召开。再看董事会议召开的人数限定，譬如，董事会由5人组成，由大股东A委派3名代表担任，小股东B、C各委派1名，这时应列出某些重大事项，规定应应由全体董事出席方可召开董事会会议，其他事项，董事会会议法定人数为4人。为免大股东利用程序排斥小股东或其董事出席会议，还应对会议的通知程序等作明确约定。
(十五)表决权的限制
公司章程可以限制有限股股东的表决权。《公司法》第43条规定个：有限责任公司股东会会议由股东按出资比例行使表决权;但是公司章程另有规定的除外。
《公司法》第43条的“公司章程另有规定除外”应该如何理解?有三种理解方法：第一公司章程可以剥夺股东表决权。第二可以不按出资比例行使表决权。第三，表决权可以由股东以外的人来行使。第一种理解不妥，公司章程只能从形式上对表决权进行灵活的规定，而不得排除表决权作为股东管理权的实质，正如对平等的追求是对实质平等的追求一样。我赞同第二种理解，公司章程规定不按出资比例行使表决权，并不是剥夺、限制股东表决权，可能出于公司实际考虑作出的灵活规定。如公司章程可以定一个最高投票权，对一个股东的表决权的最高数额进行限制。这一方面是为了限制大股东对企业的影响，另一方面是为了防止公司为第三者收购。第三种理解实际上是分裂表决权，将股东资格与行使表决权分裂开来。公司章程也不能剥夺和限制股东的知情权和诉讼权利。
(十六)僵局的防止
公司章程对表决行使方式和行使比例的设计对防止公司僵局至关重要。如果设计不当，就会出现下列僵局，不利于公司的发展：(1)对立两派同等拥有公司50%股份;(2)董事会人数为偶数，对立两派具有选择相同数量董事的权利;(3)股东之间存在意见分歧时，少数股东通过提高法定人数或提高表决权条件行使自己保有否决权。
如果在股权50：50，或董事偶数不可避免时，可在章程中约定，对于简单多数决事项，在出现僵局时，会议主席有决定性的一票(casting vote,or second vote)。
(十七)监事行使监督权的方式
监事会行使职权的方式有集体行使和个人行使两种。德国公司法是采取集体方式行使。而我国台湾“公司法”第221条规定，监察人在监督公司业务执行范围内，各得单独行使其监察权。这与董事执行业务以集体方式不同。即任何监察人行使职权时，毋需征求其他监察人的同意，即使与其他监察人意见相左，也可行使。这对公司并无害处，监察人行使职权时无须受制于人，可使监察制度灵活运用，提高监察效率。监事会行使职权的方式是监事会集体行使还是监察个人单独行使，我国公司法没有明确，只是规定“监事会的议事方式和表决程序由公司章程规定”，即具体方式可由章程规定。小股东在监事会所占的席位是少数的情况下，如果采取集体行使方式，监事会受大股东的控制，根本无法对大股东或其指派的董事采取监察行为，为了更有效地发挥监事制度的功能，可在章程和合同中约定监事可以单独行使监督权，并扩大监事的职权。
总而言之，有限公司是自治组织，通过个性化章程约定调整内部的各种关系，操作简便、易行、成本低，可弥补法律的缺位和不足。“游戏规则”订得越详细越明确，发生争议的可能性就越小，即使发生争议亦有规则可循，从而不仅保护了小股东，也是保护公司和大股东，有利于公司的健康发展。但切记，一切因不同公司、不同情况而异。需要建立最有益于公司发展的结构模式，但不可能找到一个放之四海而皆准的，适合于所有公司的一成不变的统一模式。没有一般性的完美的公司治理结构，只有最适合每一具体公司的治理结构。个性化公司章程就是在法律规定的一般合理性的基础上，实现个别最优的制度机制。