章程是公司重要的自治规则，是规范企业内部所有员工的的规则，也是公司有序运行的重要基础。它维护了公司利益、股东利益、债券人的利益，是公司高层管理者的行为规则。
然而，我国绝大多数投资者和经营者对此认识却非常淡漠，并有相当一部分投资者和经营者认为章程也就是工商局注册公司时所要求提供的文件，对公司运营效果不大。于是，大部分公司都照搬公司法所规定的章程，造成了公司章程的相同性，完全抹杀了自身公司所具有的特点。另外还有许多重要事项规范的不明确性，致使公司章程的可操作性不强，不能发挥作用行同虚设。公司章程制定得好坏，直接关系着公司治理法律风险的评估值，尤其是股东结构比较复杂的公司，坏的章程能引发严重的法律风险。
1.公司组织条款的法律风险
公司法规定股东会和董事会的议事方式和表决程序，除《公司法》有规定的以外，由公司章程规定;;董事长、副董事长的产生办法也由公司章程规定;董事任期由公司章程规定，但每届任期不得超过三年;有限责任公司股东会定期会议应当按照公司章程的规定按时召开;公司聘用、解聘承办公司审计业务的会计师事务所，依照公司章程的规定，由股东会、股东大会或者董事长决定等等。对于这一系列的规定，若无公司章程具体规定，则该组织和活动将因无章可循而陷入混乱。
对待此法律风险，则首先说明合同章程的具体规定和了解公司的具体操作方式。只有当股东或董事之间发生矛盾了，故意寻求决议形成障碍时才会转化为法律危机，因此属于较易弥补的法律风险。
2.出资条款存在的法律风险
旧《公司法》对于出资形式的限定较为严格，有货币、实物、工业产权、非专利技术、土地使用权五种方式出资，而且出资时间为公司成立时一次性出资，因此该条款的约定较为简单。新《公司法》对此问题作出了修改，使出资形式多样，且出资时间也给于了更长的时间。这样使投资者的投资更加灵活，也给与了投资者更大的活动空间。
以非货币方式出资的形式，如股权、债权、商标权等这些可以用货币估价并可以依法转让的财产，我们应给于其估价。但若章程无明确约定，股东因评估机构选任的权利同样可能发生争议。
《公司法》允许股东出资时间长达2年，投资公司则长达5年。这样使得出资问题发生争议的概率较高。另外，如果股东每次出资并不是按照最终出资份额的比例进行时，使得股东行使权利如果按实际缴纳出资额来行使则很容易就产生争议。一般情况下，公司出资形式越简单，出资周期越短，法律风险越低;反之，法律风险则越大。
3.股东会和董事会权限划分存在的法律风险
在公司实务中，股东会与董事会之间的关系很难处理，往往引起两者争议的都是事关公司大局的事情。然而公司章程却能很明确的.来划分这两个机构的权限。可现实中的多数公司章程只简单照抄照搬《公司法》的规定，法律的笼统性使得在操作的过程中很难把握。如《公司法》第三十八条规定股东会有权决定公司的经营方针和投资计划;第四十七条第(三)项规定董事会有权决定公司的经营方针，什么样的经营计划和投资计划有时在实践中难以说清。往往正是这些权限划分不清，最终导致了争议和纠纷的发生。
4.法定条款存在的法律风险
《公司法》规定，公司向其他企业投资或者为他人提供担保，按照公司章程的规定由董事会或者股东会、股东大会决议;公司聘用、解聘承办公司审计业务的会计师事务所，依照公司章程的规定，由股东会、股东大会或者董事会决定。对于这些事项公司的章程只提供了选择范围，并没有作出明确的规定，章程若缺乏相应的规定，则法律风险必然存在。
每一个条款的设置都充分考虑到公司的实际情况和现实的操作，这样才是一份完善的章程。《公司法》的修订，允许公司在章程中规定更多的事项，甚至排除了公司法规定内容的绝对性，章程的意义进一步得到提升。然而，几乎所有的公司都存在章程规定不完善的法律风险，只是这种法律风险转化为法律危机的可能性较低，因此大量的公司对这种法律风险浑然不知。但因公司章程发生的纠纷，对公司的损害无疑是巨大的。应当说章程法律风险是低效率、高损失的风险。