1、系统故障：鲸鱼拥有一种高灵敏度的回声测距本领，内脏不适、寄生虫或者系统本身的原因，都可能使回声定位系统出现故障，让鲸鱼迷失方向、四处乱窜。
2、环境污染：污染海水的化学物质扰乱了鲸鱼的感觉。军舰声呐和回声控测仪所发出的声波及水下爆炸的噪音，会使鲸鱼的回声定位系统发生紊乱。
3、地形原因：鲸鱼为了捕食随水势误入地形平缓的水域，一旦退潮会造成搁浅，而当它们为了追食鱼群而游进海湾，向着有较大斜坡的海滩发射超声波时，回声往往误差很大，甚至完全接收不到回声，也会因此迷失方向。
4、声呐并非人类的专利，不少动物都有它们自己的声呐。鲸和海豚则拥有水下声呐，它们能产生一种十分明确的信号探寻食物和相互通迅，人类发明的声呐就是通过鲸和海豚的声呐原理发明的。它们的声呐系统分工明确，有为定位用的、有为通讯用的、有为报警用的，并有通过调频来调制位相的特殊功能。