1、形状不同：黑豆形状比黑芸豆大，大多数黑豆是圆的，黑芸豆则是扁的，椭圆的。
2、色泽光亮不一：真正的黑豆是又大又圆，豆皮乌黑，但是无亮光，而黑芸豆较小，豆皮又黑又亮。
3、内核不同：黑豆与黑芸豆的内仁不一样，黑豆的内仁通常是黄色、绿色两种，但是黑芸豆的内仁却是白色的。
4、浸泡后水的颜色不同：黑豆泡水后像是红糖水，而黑芸豆泡了之后就是黑水。掉色浅的是黑豆，掉色厉害的是黑芸豆。
5、类别与营养价值不同：黑豆属于大豆类，和黄豆一样，可以生芽当芽菜吃。脂肪含量比较高。而黑芸豆豆粒比黑豆小，属于淀粉豆，含淀粉高，和红小豆、绿豆等属于一类。黑豆可以补充人体所需的钙物质。
6、价格不同：一般市场上卖的两种豆子价格都相差一些，黑豆比黑芸豆要贵一些。
7、产地不同：黑豆是中国原生豆；而黑芸豆原产美洲的墨西哥和阿根廷，我国在16世纪末才开始引种栽培。