关于人面鱼纹的意思主要有以下几种说法：
1、图腾说：有专家认为，在原始社会生活中，图腾崇拜是精神生活和原始信仰寄托的象征。因此人们的艺术活动里，图腾徽号往往被刻在某些器物上。半坡人靠水而居，因此半坡彩陶上的鱼纹可能就是半坡图腾崇拜的徽号。人与鱼组合画在一起，代表着人与鱼是不可分的，你中有我，我中有你，共生共存。
2、权力象征说：也有专家认为，人面鱼纹是在一定范围内具有权威性的有所特指的图像，在很大程度上是权力的象征。在氏族部落里，谁持有这个图像，谁就会成为氏族的首领，就具有了对其他人绝对的统治能力，具备支配其它人的神圣权力。
3、面具说：在原始社会里，人们对很多自然现象都感到无法理解。为了驱逐内心的恐惧感或者是祈求上苍的祝福，便产生了专门祈福驱邪的“巫师”。“巫师”在作法时要戴着面具，以显示神圣、庄重和神秘。人面鱼纹盆便是这样一种面具。
外星人形象说：还有不少人认为人面鱼纹图案所代表的形象在地球上是并不存在的，有可能是在6000多年前，一些外星人光临过地球，而这个人面鱼纹便是它们的形象，也有可能人面鱼纹盆是它们戴的帽子。
4、祖先形象说：在原始社会，先民们对自己“从何而来”感到非常神秘。由于临水而居，他们认为自己的祖先最初就是鱼的形象。在他们的心目中，他们把祖先已经化为“鱼神”顶礼膜拜，以示尊敬。
“仁者见仁，智者见智，至今也没有一种观点被大多数人所接受。目前研究人面鱼纹和相关的左证资料还十分有限，加之时代久远，其神秘和出现如此多种观点就不足为奇了，但这也正是该图案的神奇魅力所在。”