1、形态特征不同。笋瓜一年生粗壮蔓生藤本；茎粗壮，圆柱状，具白色的短刚毛。叶柄粗壮，圆柱形，密被短刚毛；叶片肾形或圆肾形，叶面深绿色，叶背浅绿色。卷须粗壮，通常多歧，疏被短刚毛。西葫芦一年生蔓生草本；茎有棱沟。叶柄粗壮，被短刚毛；叶片质硬，挺立，三角形，弯缺半圆形，上面深绿色，下面颜色较浅，叶脉两面均有糙毛。
2、分布范围不同。笋瓜起源于南美洲的玻利维亚、智利及阿根廷等国，已播种到世界各地，中国的笋瓜可能由印度引入。中国南、北各地普遍有栽培。 西葫芦原产北美洲南部，中国于19世纪中叶开始从欧洲引入栽培，世界各地均有分布，欧、美洲最为普遍。中国各地均有栽培。
3、生长习性不同。笋瓜是喜温的短日照植物，耐旱性强，对土壤要求不严格，但以肥沃、中性或微酸性沙壤土为好。西葫芦喜湿润，不耐干旱，高温干旱条件下易发生病毒病；但高温高湿也易造成白粉病。对土壤要求不严格，砂土、壤土、黏土均可栽培，土层深厚的壤土易获高产。
4、品种分类不同。笋瓜的品种依皮色分为白皮、黄皮及花皮，按大小分为大笋瓜及小笋瓜。西葫芦分为花叶西葫芦、无种皮西葫芦、绿皮西葫芦、长蔓西葫芦。