1、生物学方法防治。小蜂螨主要寄生幼虫，在成蜂体上只能存活1～2天，而在蛹体上最多也只能存活10天，我们可以利用小蜂螨这个弱点，采用囚禁蜂王的方法，人为断子（指蜂群中无各龄期幼虫、无封盖房）至少3天以上就可有效控制小蜂螨的危害。
2、化学方法防治。防治大蜂螨的方法对小蜂螨也有效。此外，升华硫对防治小蜂螨的效果也很好，使用方法是：将封盖子上的蜜蜂抖掉，然后用纱布将升华硫粉包好，均匀涂抹在子脾的表面。每隔7～10天一次，每次每10框蜂用升华硫粉3克，连续2～3次，注意升华硫要掌握好剂量，以防蜜蜂中毒。或者将升华硫粉撒在蜂路或框梁上，为了能更好地控制用药剂量，可以在升华硫粉中掺入一定量的白面或细玉米面作为填充剂。