1、使用麻烦
水冷风扇想要达到理想的使用效果，就需要在水冷风扇中加水，让水在蒸发过程中吸收热能，继而降低室温。然而定期加水、换水是比较麻烦的，而空调或者风扇使用就方便很多，只要按下开关就行了。
2、易滋生细菌
水冷风扇需要定期换水并且定期清洁过滤层、出风口等部位，因为水冷风扇是通过水冷循环的方式制冷，再加上夏天空气湿热，过滤层以及容易形成冷凝的出风口都是比较容易滋生细菌的地方，而且如果换水不及时，水冷风扇的水箱中也容易滋生细菌甚至成为蚊子产卵的场所，经常使用这样含有大量细菌等脏东西的水冷风扇，比较容易刺激呼吸道，引起打喷嚏、流鼻涕等不适。 所以使用水冷风扇一定要勤加清洁换洗。
3、增加空气湿度
夏季本身气压低，比较的潮湿、闷热，而水冷风扇是利用水汽蒸发以及风能来降温的，这样就会增加空气中的湿度。普通人可能影响不大，但是一些患有外风湿性关节炎的人群，就容易诱发关节疼痛。