1、室内堆藏：洋葱收刨晾晒后，待外皮干燥时，切去假茎和叶片部分，对葱头进行选择，剔除病斑、虫眼、硬伤和不符合贮藏要求的葱头，装入网袋垛在通风、干燥的室内，堆高80～100厘米，每隔10～15天翻堆1次。待气温降低后停止翻堆，如遇寒冷天气，还应覆盖防冻。
2、室外堆藏：应选择地势干燥、排水良好、避光避风的地方，用竹木垫好底部，铺上秸秆、稻草，然后将晾晒好的葱头堆放在上面，堆高150～170厘米，防日晒雨淋。堆垛初期，外界气温高、湿度大，葱头含水量多，容易发热，每10天翻1次堆，以后每15～20天翻1次。翻堆次数及间隔时间应根据气候条件、堆内湿热情况而定。
3、挂藏法，挂藏是将收刨晾晒后的洋葱编成辫，挂藏在室内用竹木搭起的横木架上。挂藏有利于通风和检查，不易发生腐烂。在栽栽培面积不大、收获量少的集中产区，可在田间用竹木或钢铁材料为骨架，搭成专门挂藏洋葱的小屋，屋顶防雨防晒，屋四周防盗通风。挂藏温度不低于-3℃，若温度偏低时，屋四周要围护保护材料保温。
4、冷藏法，冷藏即利用冷库贮藏。冷库的温度和湿度等，可根据洋葱贮藏对环境条件的要求人为调控。洋葱适宜的冷藏温度为0～2℃，空气相对湿度70%左右，在此条件下可长期贮藏。冷库温度较高时，对葱头贮藏不利，应采取降温措施，以防生根和腐烂。
洋葱冷藏前，应切去茎叶部分，将葱头晾晒处理，使水分减少10%左右，有利于贮藏。有条件的亦可用热风干燥代替晾晒处理，即在葱头收获后用40～45℃的热风连续干燥12～16小时。晾晒或干燥处理后的葱头，经过严格挑选装入柳条筐、塑料箱或板条箱中，入预冷间预冷，使葱头的温度接近于冷藏温度时，转入冷藏间，按照一定的形式堆码，每堆之间要留有通道，以便码堆搬运和贮藏期检查等。