1、夏季修剪：时间从树体萌芽后停长前(4-9月)进行。方法为抹芽、摘心、拉枝等。抹芽：及时抹去整形带以下的芽，以及主枝上背上直立芽及延长枝头上的竞争枝；摘心：主枝延长枝长到50-60cm时摘心促发二次枝，培养主枝。其他部位长势强、直立与主枝重叠、交叉的新梢长到20cm摘心，促发二次梢；拉枝：由于木瓜树枝条直立性强，要对各主枝和一、二级侧枝进行拉枝，加大各主枝和各级侧枝的开张角度。同时在8月底、9月初对不是留作主枝的枝拉平，留作辅养枝。
2、冬季修剪：时间在12月至翌年3月间进行。为法为短截、疏枝、回缩和缓放等。
整形方法:树形。以自然开心为主。即全树有30个一级主枝，6-8个二级主技，每主枝上有2个侧枝，各侧枝上分生结果枝和结果枝组，树高2.5m左右，冠幅1m左右。
方法：在苗高80cm处进行定干，对整形带间长出的新梢选留34个留作一级主枝(其余抹除)，按不同方向向外生长，一级主枝问要有10-20cm枝距；在一级主枝上30-50cm之间，再选2-3个向两侧生长的侧枝留作二级主枝，枝长40.50cm；在二级主枝上再选择培养结果枝和结果枝组，枝长在l0-20cm。