1、明朝末年，清军的入侵和农民的暴动使得社会形式动荡不安。督师孙承宗因受到朝中大臣的弹劾，被迫精兵简将， 而用于防备清军入侵所修筑的关锦防线也被新上任的督师高第破坏。孙承宗用解了京都之围后被再次启用，于是到辽东准备修复大凌河， 边关重地可能随时会遭到清军的袭击，但因为之前精兵简将，兵力的调配明显出现了不足的状况，秦良玉于是领石砫兵共计一万一千八百一十八人去驻守大凌河，保证大凌河的修复如期竣工。 对辽东抵御清军做出了极大的贡献。
2、四川土司奢崇明极农民义军领袖张献忠先后在四川境内作乱，明朝官军在与乱军交战过程中大都怯懦不前，甚至有贪图敌人贿赂原地逗留的，秦良玉率领“白杆兵”一马当先，不但取得了胜利， 也对官军起到了鼓舞的作用，让各路官军相互配合，最终将奢崇明击败。 张献忠虽然是农民义军领袖，但也在四川做了许多坏事，四川百姓因为奢崇明、张献忠等人叛乱屡遭磨难。秦良玉是石砫土司，将自己境内治理的井井有条，逃难百姓多去石砫等得以安居乐业。