1、需要贮藏的南瓜必须是老熟瓜，老熟南瓜的果皮硬，呈现固有的色泽，果面蜡粉较多，有利于保存。上午阴凉时采收为宜，采收时将瓜柄上5～10厘米的一段蔓剪下，保留一段果梗。贮藏的瓜不能遭霜打，在生长期间应在瓜下垫砖或吊空，并防止日光暴晒。贮藏前，剔除损伤瓜、未成熟瓜、烂秧的瓜、病虫为害的瓜等，只保留无病虫害、无损伤的活藤瓜，这样可以贮藏2个月以上。
2、南瓜贮藏条件 南瓜贮藏场所应选通风、阴凉的库房，地面放木板，单层码放，或搭架分层存放，防止潮湿。贮藏的适温在10℃左右，空气相对湿度为70%～75%。可以贮存在空屋内或湿度较低的窖内，地面铺细沙、麦秆或稻草，堆放2～3层瓜。
3、南瓜选好后可直接堆放在室内，堆放前在地面上先铺一层细沙、麦秸或稻草，再在上面堆放南瓜，堆放时要留出通道，以便检查。南瓜摆放的方向和生长时的状态相同，可将瓜蒂朝里，瓜顶向外逐个依次堆放成圆堆，每堆15～25个，高度以5～6个瓜高为好，也可装筐堆藏，每筐不宜装得太满，离筐口应留有1个瓜的距离，以利通风和避免挤压。瓜筐堆放可采用骑马式，以3～4个筐高为宜。 贮藏前期，外界气温较高，要注意通风换气，降温排湿，可在晚上打开窗口通风换气，白天关闭遮阳，避免日光直接照射。室内空气要新鲜干燥，并保持凉爽。贮藏后期外界气温较低时，特别是到了严寒冬季，要注意防寒，温度应保持在0℃以上。
4、架藏的仓位选择、质量挑选、降温、防寒和通风等要求与堆藏相同。所不同的就是在仓库内用木、竹或铁搭成分层贮藏架，铺上草包，将瓜堆在架上，或用板条箱衬垫一层麦秸后，将瓜放叠成一定的形式进行贮藏。这种方法通风散热效果优于堆藏，仓位容量也比堆藏大，观测、检查也较方便。目前多采用此法贮藏南瓜。
5、窖藏的南瓜宜选用主蔓上第2个瓜，根瓜不宜作贮藏用。生育期间最好不使瓜直接着地，并要防止阳光暴晒。采收时谨防机械损伤，特别要禁止滚动、抛掷，否则内瓤震动受伤易导致腐烂。南瓜采收后宜在24～27℃下放置2周，使瓜皮硬化有利于贮藏，这对成熟度较差的瓜尤为重要。