1、性味区别。赤灵芝味苦平。赤灵芝，别名丹芝，一般我们常说的灵芝很多时候指的就是赤芝，因为赤芝中的灵芝算含量是较高的，因此入口的味道非常的苦，所以价格比较便宜，更多的时候都用于药用上。紫灵芝味甘温。紫灵芝带有些香菇的气味，味道比较淡一些，甚至是完美没有苦味。因此对比起赤灵芝来说，紫灵芝更加容易入口一些，所以比较适合用于炖汤，这样对失眠、糖尿病都有很好的养生效果。
2、外形区别。赤灵芝。菌盖呈半圆形，肾形或近圆形，表面看上去为红褐色，有油漆光泽，菌盖上伴有环状棱纹或辐射状皱纹，边缘较薄，往往向内卷曲。赤芝菌肉在生长期间由初期的白色慢慢向浅褐色转变。菌柄一般以侧生或着偏生的姿态生长，子实体中等或偏大。紫灵芝。菌盖形状看上去和赤灵芝一样，为半圆形，肾形或近圆形为主，但颜色呈褐色、紫黑色至近黑色，而菌肉则是均匀的褐色至栗褐色。菌柄细长弯曲，常常伴有分支，出现多支并生的情况。紫芝通常顶端较平，一般个体大小在4.7×4cm，大型个体长宽可达20cm。
3、功效区别。赤灵芝。在《神农草本经》里面把赤灵芝列为上品，而对赤灵芝的功效也有记载，称赤灵芝“主胸中结，益心气，补中增智慧不忘，久食轻身不老，延年成仙”。紫灵芝。在我国《药典史册》中记载，称紫灵芝：“主耳聋，利关节，保神益精，坚筋骨，好颜色，久服轻身不老延年”。