1、出处不同：矿物质水一般指的就是矿泉水，里面含有矿物质，是从地底下深处开采而来并且未受到任何污染的水；纯净水则是由江河湖泊中的水经过消毒杀菌、蒸馏、电解后供人喝的饮用水。
2、成分不同：矿泉水里面含有各种微量元素，可以补充人体内所需要的矿物质，如钙、硒、锌、碘化物等等；纯净水里面一般不含矿物质，就和白开水一样，只是补充身体的水分。
3、饮用方法不同：一般矿泉水是不需要烧开的，因为矿泉水烧开后里面的钙离子和镁离子会形成碳酸钙沉淀下来，并且烧开后的矿泉水里面的微量元素也会消失不见，所以不建议烧开；而纯净水是需要煮沸烧开后才可以喝的。