1、外形的区别
鲍鱼：其外壳是单个的，且质地比较坚硬，壳型方向是右旋的，表面的颜色为深绿褐色。壳的内侧分布着紫、绿、白等色。贝壳的形状像耳朵，壳的背侧突起一排穿过的孔，软体部分的肉是椭圆形的，宽大而扁平，呈黄白色，大的看起来像茶碗，小的则跟铜钱相似。
生蚝：其外壳是两壳形状的，表面粗糙，颜色为暗灰色，上部分壳中间部分会有隆起，下部分壳附着于其他物体上，两壳的里面白色光滑，中间部分有强大的闭壳肌。若有一粒外物跑到生蚝的壳内，生蚝则会分泌珍珠质将外物包裹起来变成珍珠，这也是常常吃生蚝的人会吃到珍珠的原因。
2、生存环境的区别
鲍鱼：其对水质要求比较高，需要净化过的海水才能养殖，一般鲍鱼喜欢生活在海水清澈、海藻丛生的岩礁海域，以吃海藻和浮游生物为生。
生蚝：其生活在深浅不一的海水或有盐味的河水领域中，附着在浅海物体或海边礁石中，以浮游动物、硅藻、有机碎屑等为食。
3、营养价值的区别
鲍鱼：其含有“鲍灵素”，能提高免疫力，破坏癌细胞。鲍鱼的壳被中医称为“石决明”，有明目退翳、清热平肝的作用。
生蚝：其含有牛磺酸，有保肝利胆的作用。生蚝提取物能够抑制血小板聚集，降低血脂有利于胰岛素的分泌。
4、功效的区别
鲍鱼：其更适合女性食用，有滋阴美颜、补血益气、治疗女性月经不调等功效。
生蚝：其更适合男性食用，有壮阳造血、补锌、降低胆固醇、预防心肌梗塞的功效。
5、食用禁忌的区别
鲍鱼：其不能和鸡肉、野猪肉、牛肝同食，否则会影响消化吸收。
生蚝：其不能和包菜一起食用，否则影响钙和锌的吸收。