1、食物的基因不一样。转基因食品，即利用生物技术，将某些生物的基因转移到其他物种中去，改造生物的遗传物质，使其在性状、营养品质、消费品质等方面不自然和谐，以转基因生物为直接食品或为原料加工生产的食品就是转基因食品。非转基因食品，没有经过生物技术，自然生长的，以非转基因生物为直接食品或为原料加工生产的食品就是非转基因食品。
2、转基因食品在性状及营养品质方面与非转基因食品不同。通过生物技术，科学家可以把某个基因从生物中分离出来，然后植入另一种生物体内。例如，北极鱼体内的某个基因有防冻作用，科学家将它抽出，植入西红柿里，于是就制造出新品种的耐寒西红柿。像这样含有转基因成分的食品就是转基因食品。在转基因食品这个概念出来之前，是没有非转基因食品这个概念的。非转基因食品顾名思义是指不含有转基因成分的食品，如果是按照绿色食品或有机食品生产标准要求生产的，那么这个非转基因食品就是绿色食品或有机食品；否则就不是。