1、文种性质不同。实施意见是“意见”的一种类型，为法定公文，具有法定的权威性和行政约束力，其写作必须合乎法定公文规范和格式标准。而实施方案则为计划类文书的一种，属于常用事务性文书，不具备法定公文所具有的法定效力与规范体式。
2、发文依据不同。实施意见一般是根据上级提出的“意见”、发出的“通知”、作出的“决定”等文件精神而拟定的；而实施方案往往根据上级提出的“意见”或“实施意见”来制定。
3、写作重点不同。实施意见一般侧重于宏观方面，提出总体目标、基本任务和内容范围，较少提出特别具体的目标任务，相对比较概括。而实施方案则往往侧重于微观，要提出具体细化的目标或分阶段目标，甚至要制定量化指标。