1、酒精过敏者禁用。藿香正气水属于酊剂，是采用一定浓度的酒精溶解。一般来说藿香正气水中的酒精浓度在10%左右，但有的甚至高达30%左右。酒精过敏者服用后会产生过敏反应，出现全身发热、心跳加快及皮肤潮红、起粒状丘疹、瘙痒等，有时甚至出现心悸、气短、烦躁不安、血压降低等症状。
2、小孩。一般来说，一两岁的孩子，服用藿香正气水2-3滴就行了，正确方法是把藿香正气水滴入50-100毫升温水中，加点蜂蜜，调和均匀，然后慢慢给孩子喂。对于周岁以内的孩子，最好少用或不用藿香正气水，可选择用藿香正气的其他剂型，如散剂、丸剂、胶囊、汤药等，这些剂型都不含有酒精。
3、慢性病患者。有高血压、心脏病、肝病、糖尿病、肾病等慢性病严重者、孕妇或正在接受其他治疗的患者，必须在医生指导下服用。