1、清热去火。黄连在中医里配以其他辅助药物，即适用于湿热证，也适用于火热证。黄连苦、寒，泻火解毒功效很强。
2、治疗疟疾。在我国中医里，黄连一直都是用来治疗疟疾等严重腹泻，黄连中含有黄连素，黄连素具有抑菌抗菌作用，对于痢疾杆菌，结核杆菌，肺炎球菌，伤寒杆菌以及白喉杆菌等具有抑制作用，对痢疾杆菌的作用最强，是治疗细菌性胃肠炎，痢疾等消化道疾病的特效药。
3、治疗消化道炎症。由于黄连苦涩作用，会使黄连素在胃肠道中停留的时间增长，对于消化道严重的治疗效果明显。
4、降低血糖，黄连中的黄连素对血糖的调控与药物的剂量和给药的方式有关，在治疗糖尿病患者时，可适当加入少量的黄连素，能明显的降低血糖。