1、从植物品种、来源等区别
品种不同：白芍主要为毛茛科植物芍药Peorialactiflora Pall的干燥根，而赤芍主要为毛茛科植物毛果赤芍Paeonia viitchiiLynch和卵叶芍药(草芍药)Paeonia obovataMaxim的干燥根。
来源不同：白芍的主要来源为栽培植物，而赤芍的主要来源为野生植物。
产地不同：白芍全国各地均有栽培，主产于浙江、安徽、四川等地；赤芍全国各地均有栽培，主产于内蒙古、辽宁、河北、甘肃等地。
采集时间不同：白芍夏、秋季均可采挖，而赤芍则主要在秋季采挖。
2、从其别名区别
芍药之名称，有两种解释：其一，绰约的音转，因芍药花容绰约而得名；其二，制服食毒，调和五味，一勺之多，即可奏效，称为“勺药”。
芍药分为白芍和赤芍两种，白芍《诗经》称“勺药”、“离草”，《吴普本草》名“其积”，《名医别录》异名“余容”、“犁食”、“白木”，《本草纲目》又名“将离”，别名金芍药。
赤芍别名木芍药，《圣济总录》称为“红芍药”。而现今将二者分别称为白芍、赤芍，如《中华人民共和国药典》(2010年版一部)、《中华本草》、《新世纪全国高等中医药院校规划教材·中药学》均用白芍、赤芍作为药名。
3、从性味归经区别
白芍味酸、苦，性微寒，归肝、脾两经；赤芍味苦，性微寒，归肝经。
4、从功效主治区别
在功效方面：白芍与赤芍功效差异显著，白芍功偏补、收，既补肝又泻肝，补者即补肝血，以养肝之体；泻者，柔肝、敛肝、疏肝，以泻肝之用，故长于益阴和营，养血柔肝，平抑肝阳，兼能安脾；赤芍功偏泻、散，长于清热凉血，活血化瘀，兼泻肝火，故《注解伤寒论》云：“芍药，白补而赤泻，白收而赤散。”