1、种类不同：虽然生蚝和鲍鱼都是海鲜，但生蚝是隶属软体动物门，双壳纲，珍珠贝目，是世界上第一大养殖贝类；而鲍鱼是鲍科鲍属动物，属于名贵的海珍品之一，肉质细嫩，营养丰富。
2、外形不同：生蚝是两壳形状的，表面粗糙呈暗灰色，上部分壳中间部分会有隆起，下部分壳附着于其他物体上，两壳的里面白色光滑，中间部分有强大的闭壳肌；而鲍鱼鲍鱼壳质地坚硬，壳型右旋，表面呈深绿褐色，壳的内侧分布着紫、绿、白等色，贝壳的形状像耳朵，软体部分的肉是椭圆形的，宽大而扁平，呈黄白色。
3、营养价值不同：生蚝含有牛磺酸，有保肝利胆的作用。生蚝提取物能够抑制血小板聚集，降低血脂有利于胰岛素的分泌；而鲍鱼含有“鲍灵素”，能提高免疫力，破坏癌细胞。鲍鱼的壳被中医称为“石决明”，有明目退翳、清热平肝的作用。
4、生存环境区别：生蚝生活在深浅不一的海水或有盐味的河水领域中，附着在浅海物体或海边礁石中，以浮游动物、硅藻、有机碎屑等为食；而鲍鱼对水质要求高，太长生活在海水清澈、海藻丛生的岩礁海域，以吃海藻和浮游生物为生。
5、功效不同：生蚝和鲍鱼的功效是具有一定区别的，生蚝具有一定强肝解毒、净化瘀血以及恢复疲劳的作用；而鲍鱼肉质细嫩、鲜味浓郁，具有一定明目补虚、清热滋阴、养血益胃、补肝肾等作用。