1、玻璃（瓷）杯子煮沸消毒，不锈钢杯可以加盖用开水泡5到10分钟消毒。
2、对于一些容易藏污纳垢的缝隙（杯口和杯子底部），还可以着重清理一下，如挤一些牙膏涂抹在缝隙上，使用干净的刷子刷去污垢；如果清理不到杯子底部的缝隙，可用纸巾裹在刷子上清理。
3、水杯最好不要用太久，特别是塑料材质的水杯，一个月左右就需要更换。有些杯子虽然看起来还能用，但是塑料不耐热，被热水烫过之后很有可能产生致癌物质，对人体有害。推荐使用陶瓷、不锈钢或玻璃材质的水杯，这些杯子不仅耐热还很耐用。
4、许多爱泡茶的人喜欢长期使用一个水杯，既不更换也不清洗，认为每天用热水烫过就算是清理杯子了。其实不然，在杯口和杯底的一些缝隙中，很容易累积污垢，仅用热水烫一烫，根本无法将其清理掉。因此使用水杯时，不仅要定期清洗，也需要定期更换。