1、抵扣不同：增值税专用发票可以抵扣进项税，普通发票不可以抵扣进项税。这是他们最主要的区别，后面联次、内容的区别都是基于此产生的；
2、联次不同。专用发票有四联，包括开票方用于留存备查的存根联、用于购买方记账的发票联，用于购买方扣税凭证的抵扣联，用于销售方记账的记账联。普通发票不能抵扣，所以没有抵扣联，只有其他的三联；
3、使用主体不同。专用发票一般使用主体为增值税一般纳税人，一般情况下，不包括小规模纳税人，小规模纳税人只能经税务机关批准后由当地税务机关代开；普通发票是未办理税务登记的纳税人也可直接向税务机关申请领购使用；
4、发票的内容不同。专用发票除了包括普通发票所具备的内容外，还包括增值税方面的内容。