武夷山自然保护区位于武夷山、简阳、光泽三县(市)交界处。南北长52公里，东西宽22公里，方圆570平方公里。海拔1000米以上的山峰有377座，其中1500米以上的有112座，2000米以上的有7座，主峰黄岗山2158米。它是武夷山脉的最高峰，被称为“华东屋脊”。由于山体陡峭，山峰众多，不仅阻挡了西北寒流，还拦截了海洋的暖空气流，使该地区成为典型的中亚热带，雨量充沛，气候温暖湿润。
保护区森林覆盖率为92%，主要包括针阔混交林、常绿阔叶林、针阔混交林、竹林、灌木林、高山矮林、针叶林等7大类。特别是毛竹有80多种，占我国毛竹种类的三分之一。植物约有三四千种，命名的高等植物有149科1800种，如银杏、鹅掌楸、南方铁杉、东北红豆杉、三尖杉、银翼杉、落羽杉等。，被称为“天然植物园”。
该地区有400多种野生动物，脊椎动物中有近100种哺乳动物。有华南虎、猕猴、毛冠鹿、白颈长尾雉、黄腹锦鸡、穿山甲、苏门羚等国家一级保护动物，还有重安蟾蜍(又名角怪)、李继喜、竹鼠、闭壳龟、蝾螈、雨蛙等，在国内都是稀有或稀有的。瓜墩地区是候鸟南北迁徙的休息地，也是世界上鸟类资源最多的地区之一，约有300种，被誉为“鸟类的天堂”。大竹兰是世界生物模型标本产地，被誉为“昆虫的世界”“蛇的王国”。中国昆虫有32目1000科，这里命名的有31目300多科。这里的蛇比大连蛇岛的还多。5科26种，仅中国就有50多万条毒蛇——五步蛇。难怪许多专家学者惊讶地说，一个地方生活着如此多的物种，这在世界上是罕见的。