1、学习时间不同
在职博士：在职博士完全是借助业余时间进行授课，主要授课方式为周末班和集中班。周末班一般为周六、日或其余的时间进行课程学习。集中班为集中一段时间进行集中面授的串讲和答疑。
全日制博士：全日制博士要求学员必须全天在校上课，上课时间为周一到周五的正常工作日。
2、招生方式不同
在职博士：在职博士分为单证博士和双证博士两种，其中单证在职博士为免试入学，学员满足院校招生条件，即可报名，并在提交资料经审核后获得入学资格。而双证在职博士为考试入学，一般为院校自主安排招生考试，学员通过考试后获得入学资格。
全日制博士：报考全日制博士的考生在满足院校的招生条件后，需要参加全国统一安排的博士统考，通过考试且经就读院校综合审核后择优录取。
3、获取证书不同
在职博士：单证在职博士可以在毕业时获得博士学位证书，双证在职博士可以在毕业时获得博士学位证书和博士学历证书。
全日制博士：全日制博士在毕业时可以获得博士学位证书和博士学历证书。