1、意义不同：旗舰店的意义：旗舰店不仅仅是一个概念、一个品牌、一种哲学、一套生活方式，旗舰店也应该是形象的旗舰店，用来更好地展示企业品牌形象；还应该是销售的旗舰店，要有好的销售业绩。直营店的意义：直营专卖店是公司建立企业形象、品牌形象的有利场所，是直接的利润与信息来源，是与消费者沟通的平台，是全国专卖店的样板，也是员工培训的基地。
2、性质不同：旗舰店的性质：某商家或某品牌在某地区繁华地段、规模最大、同类产品最全、装修最豪华的商店。直营店的性质：由公司总部直接经营、投资、管理各个零售点的经营形态。