1、两者的区别在于转基因水稻是人类对水稻物种基因进行了干预或导入不同物种的基因，导致物种基因实质改变，而杂交水稻是人类将不同的水稻品种进行杂交得到的杂种水稻。
2、转基因水稻是指通过转基因技术将不同品种水稻或近缘物种的抗虫基因、抗病基因等导入某种水稻基因组内培育出的水稻品种。（ps：转基因是基因工程的一种手段，是通过人类的技术手段将外源DNA整合到载体上（一般是细菌质粒），然后由载体将这些外源DNA转入目标细胞的DNA上，让这些外源DNA和宿主细胞的DNA一起表达产生蛋白质，故转基因作物的目的是为了更加高效的育种，同时为了让作物产量更高，还能简化农业耕种的程序。以上也是转基因水稻的原理。）
3、杂交水稻是指选用两个在遗传上有一定差异，同时它们的优良性状又能互补的水稻品种，进行杂交，生产具有杂种优势的第一代杂交种，用于生产。它的育种思路是选一种各方面性状都好就某些方面差的品种A，再选一个有一个或几个性状好的品种B，让这两个品种的性状正好互补。然后通过杂交，将品种B的控制优良性状的基因传到品种A上，从而获得优良性状的后代。