1、根茎区别
石菖蒲的根茎粗度为2-5mm左右，并有着淡淡的芳香，它的颜色为淡褐色，根茎是肉质的，上面还有很多的须根，节间的长度通常为3-5mm。
水菖蒲的根茎是横走的，粗度是5-10mm左右，同样有芳香，但它是黄褐色的。它的肉质根是5-6cm左右，须根都是毛发状的。
2、叶子区别
石菖蒲的叶子是很薄的，是线形的，长度差不多是在20-30cm左右，有时可达到50cm。它的叶色为暗绿色，无中肋。
水菖蒲的叶子是剑状的线形，长度会更长一些，有90-150cm左右。它的叶子为绿色，十分光亮，有着十分明显的中肋。
3、习性区别
石菖蒲喜欢在半阴的环境下生长，很害怕被阳光直接照射，喜欢湿润的环境。
水菖蒲同样喜欢在湿润处生长，它是喜欢温暖的，环境的额温暖度应在20-25℃左右。