1、绿松石和磷铝石的主色调是有所区别的。颜色是磷铝石和绿松石主要的区别之一，绿松石的颜色和它所含的矿物成分有关，一般来说，如果绿松石含铜元素高就会呈蓝色，含铁元素高就会呈绿色。主要分为蓝色绿松石、浅蓝色绿松石、蓝绿色绿松石、绿色绿松石、黄绿色绿松石、浅绿色绿松石。目前市场上大部分绿松石主要以天蓝色、蓝绿色等颜色为主，其中以天蓝色绿松石最佳。而磷铝石的颜色为绿色至黄绿色，且市场上常见的磷铝石为绿色。
2、绿松石和磷铝石在光下光泽也有所区别。光泽也是磷铝石和绿松石的主要区别之一，将磷铝石和绿松石放在阳光或灯光下观察时，可以看到大部分的磷铝石都属于玻璃光泽，而有的绿松石会呈现玻璃光泽，也有的会呈现蜡状光泽。
3、绿松石和磷铝石的密度也是不一样的。磷铝石和绿松石的主要区别还在于密度，磷铝石的密度标准值在2.40到2.60左右，而绿松石的密度在2.76左右，硬度在3到6，孔系度大者摩氏硬度较小，白垩状者韧性小，易断裂，致密者韧性好，常有黑色斑点或黑色线状褐矿或其他氧化铁包裹物。因此在磷铝石和绿松石体积相等的情况下，绿松石的手感会明显重一点。