1、概念区别。对玉的概念可参考古文《说文解字》的描述：“玉，石之美者。”也就是说有光泽的美石都可称为玉。玉石一个非常广泛的概念，包括了和田玉、翡翠、绿松石等，民间又将玉分为硬玉和软玉两大类。硬玉一般指翡翠或翡翠岩石，而软玉则是除翡翠之外的玉石种类。玛瑙由二氧化硅组成的石英集合岩类，是玉髓的一种，是呈带状的玉髓，颗粒细腻。玛瑙是佛教七宝之一，自古以来一直被当为辟邪物、护身符使用，象征友善的爱心和希望。
2、价格区别。总体来讲，玉石的价格比玛瑙要高得多，就拿硬玉中的翡翠来说，品质好的可达数百万元，品质差的大众人群都能买到。软玉中的珍品羊脂玉，价格高达几百万元，好的羊脂玉还是可遇不可求的。玉石中有些种类如岫玉价格和玛瑙同等。因此，应在同种类里根据玉石的品质来进行比较。
3、颜色区别。玛瑙的很多种颜色，俗话说千种玛瑙成万种玉，而其他种类的玉石也有很多种颜色，尤其是翡翠，但是玛瑙的颜色很鲜明，很艳丽，分布也很均匀，颜色条带很明显，而其他种类的玉石则没有颜色分明的条带。