1、种子质量差。未充分成熟的种子、破损粒种子、新收获的种子或贮运过程中吸湿返潮的种子，都会因种子的呼吸作用旺盛而释放出较多的热量与水分。由于种子堆导热不良，水分、温度的升高与种子的呼吸强度升高之间会形成一种恶性循环。
2、微生物与仓虫迅速生长和繁殖。实践证明，在相同条件下，微生物释放的热量远比种子呼吸作用释放的热量要多。种子发热常常伴随着种子发霉；微生物生命活动是导致种子发热的内在根源；仓虫的大量繁殖也会导致种子堆发热。
3、仓库结构不良或贮藏管理不善。由于仓库隔热隔潮性能不好，返潮、漏雨；种子不同层次或部位之间温度相差较大引起湿热扩散；通风不合理导致仓内温、湿度较高；种子入库时水分不一致或严重的自动分级现象等原因，造成种子堆某些部位水分、温度升高都会引起发热霉变。