1、用清水浸泡金刚菩提子手串，浸泡时间是几个小时。打一盆清水，将要清洗的金刚菩提子手串放到水盆里浸泡几个小时。
2、用钢丝刷顺着手串的走向来回刷洗，，可以刷完后再泡上几个小时。待浸泡几个小时候之后拿出，可以将金刚菩提子手串挂起来拉平，用钢丝刷顺着手串的走向，来回多刷几遍，并及时清洗。遇到比较难清理的，可以刷完后再泡上几个小时，然后反复刷几遍。需要注意的是，如果经过几遍的浸泡，刷的时候必须用力匀称而且不能太猛，以防刷坏金刚菩提。
3、清理干净后拆开手串泡清水里筛选，然后将金刚菩提珠子捞出来擦干。基本清理干净之后，将金刚菩提子手串拆开泡进清水里，这也是一个筛选的过程，可以将颜色黄、形状不饱满的挑出来，有些密度不够、不会很快沉底的也可以筛掉。然后将金刚菩提珠子捞出来擦干。
4、手串表面干后装到密封袋里阴干，切忌冬天的时候放到暖气片上或在太阳底下暴晒。待金刚菩提子手串表面干之后，装到密封袋里阴干，不能被风吹到。这期间切忌冬天的时候放到暖气片上或在太阳底下暴晒，因为这样子会很容易导致金刚菩提子手串开裂。
5、手串阴干后刷洗其残留的杂物，如遇难清理的，可以用针剔出。待金刚菩提子手串经过一段时间阴干之后拿出，用硬毛刷将残留的杂物刷出来，如遇难清理的，可以用针剔出。然后，再用硬毛刷多刷几遍即可处理较为干净。