1、浸泡。当金刚菩提缝隙黑时，主要是里面的污垢积累所致，这时候可将其放在温水中浸泡2～3个小时，这样能让深层的污垢得到充分的软化，这样就更方便清理干净，浸泡后先用钢丝刷粗略的刷洗一次，但要注意力度不宜过大。
2、重刷。在刷洗的时候，主要以垂直的角度平刷为主，由于钢丝刷的质地比较坚硬，不仅能将外壳上的齿皮磨掉，还能将深层里的污垢清理出来，清洗时要不停的转动珠子，保证每个部分都要刷洗干净。
3、搓干。待清理干净后，将金刚菩提放在清水中漂洗半个小时，还要用手搅动，之后再换一盆水，将金刚放进去后，用猪毛刷重新刷洗几次，最后将其捞起来放在干毛巾包裹起来搓干，等它完全干燥后继续盘玩。