1、浸泡：先打一盆清水，最好是温水，不要太热，30度左右吧。然后把你要清理的金刚菩提子手串扔到水盆里(买来的金刚菩提子手串先不要急着把绳子解开，整串的扔到盆里)，等待他完全慢慢的沉入水底后，就不用管他了。在里边浸泡上10几个小时吧。
2、平刷:十几个小时甚至一天后，拿出来，两个人一人抓一头把金刚串拉平(如果只有自己的话，可以找一个木板，一头顶上钉子来代替另外一个人)。拉平后，用钢丝刷以垂直角度平刷，刷的时候不要把刷子狠狠的压在珠子上，而是应该像我们用扫帚扫床上的渣子一样的方法。这样可以使珠子转动起来，以保证每个地方都能刷到。刷十几下把金刚菩提子手串转转，以保证离手近的那部分也能被刷到。
3、洗渣，重刷：刷完后，把金刚菩提子手串在扔回水盆里，用手使劲搅，让刷下来的渣滓洗下来。搅完后，再换一盆温水，泡上几个小时候，用硬毛刷像第二步那样刷一下刷。其实基本进行到这里就差不多了。如果觉得还不干净，可以重复以上的操作。
4、搓干：把留下的金刚捞出来放到一块干布上，然后兜起来使劲甩一甩，用手隔着布轻轻搓一搓，这样是为了把大部分水甩到揉到布上，感觉布很湿了，就换到另外一块干布上，用手平揉珠子，这样几次后，珠子表面的水分就基本干了，可是渗透进内部的水石不可能完全弄出来的。