1、不用处理。在盘玩金刚菩提的时候，若是对于刚开始的新手来说，金刚菩提在开始的时候出现色差是很正常的，主要是由于金刚菩提是树木的果实，有的籽会先变色，有的是后来变色，还会深浅不一，随着盘玩的时间越长，这些色差会逐渐消失。
2、更换树籽。由于金刚菩提是一种树籽，很多人喜欢体积大点的籽，若是盘玩的金刚菩提手串是多个不同树木上的籽组成，而不同树木上的籽不同，其密度也不一样，所以在盘玩期间容易出现色差，最好在盘玩前选择同一种树木上的籽。
3、快速上油。若是在盘玩的时候，金刚菩提的部分没有长期与人体皮肤接触，这样也容易出现色差的现象，这时候可适当的在表面涂抹一层橄榄油，但不可过多，再将其放在手上揉搓，每个部位都要接触均匀即可。