天人同气
天人合一的思想是中国传统文化的主体，古圣先贤认为，天地人本源于一“气”，而天人合一最重要的体现也是合于“气”。《素问·六微旨大论》：“言天者求之本，言地者求之位，言人者求之气交。曰：何谓气交?曰：上下之位，气交之中，人之居也。”“求之本，求之位，求之气交”皆指求气之本。天地人三者是一气分布到不同领域的结果，因而是可以认知和掌握的。“天枢之上，天气主之;天枢之下，地气主之;气交之分，人气从之，万物由之。”(同上)即，人与万物，生于天地气交之中，人气从之则生长壮老已，万物从之则生长化收藏。人虽有自身特殊的运动方式，但其基本形式--升降出入、阖辟往来，是与天地万物相同、相通的。
气交的产生是因为地之寒热与天之阴阳之节气相差三节。按理说，一年中冬至日为阴之极，应该气候最冷，夏至日为阳之极，应该气候最热，故天之太阳为夏至，天之太阴为冬至。但事实上大地有一个白天吸热，夜间散热的过程，所以冬至之后经小寒、大寒、立春三节气达到积寒的高峰，即地之最寒冷在冬至后三节气，立春一到，气候便开始温暖，此三节之差，张介宾(1563-1640年，明代医学家，字会卿，号景岳，别号通一子)十分重视，其《类经图翼》云：“然一岁之气始于子，四季之春始于寅者，何也?盖以建子之日，阳气虽始于黄钟，然犹潜伏地下，未见生化之功及其自丑转寅，三阳始备，于是和风至而万物生，……故阳虽始于子而春必起于寅。”即天之温起于子，而地之温却始于寅，天地之气相差三节。由于气交相差三节，便产生了天地之气的“升降沉浮”、“气交易位”等变化。
所谓“气交易位”是指气候的太过和不及而导致气交的位置发生移动，由于阴阳之气与寒热之气相差三节，"时有定位，气无必至"，即一年四季二十四节气有一定的次序和时位，温热寒凉的秩序是不会错的，但，气有未至而至，至而不至的现象却是经常发生的。
天地同律
天地同律也就是时空合一。律学本属于声学，由于古代天文学在制定历法过程中需要数学运算，便借用律数来完成这一过程，而产生了律与历的结合。律历一体思想首先是与古代气论紧密相关的，反过来又促进了《黄帝内经》对“气”的规律性研究和人体生命节律的研究。
⑴音律与天之气相应
《史记·律书》，其中说道：“王者制事立法，物度轨则，壹禀于六律，六律为万事根本焉”。古代以“同类相动”理论推想互相感动的事物之间通过气传递着它们的相互作用，从而把律吕与“气”密切联系起来。汉代有“候气之法”，据《后汉书·律历志》记载，在一个密闭的室内，把端部塞上葭莩灰的律管按一定的方位加以布置，注意观察就可以看到，每到一定的节气，与该气相应的那支律管中的灰就回逸出。这种把律管的长短和天地之气联系起来的实验，对我们理解五气、五藏与五音相应等问题至关重要。就这样，人们把不同音频的乐音同一年中的不同时令，同该时令的气候、物候联系起来。所谓二十四节气、七十二候不过是天“气”在一个回归年中有二十四种或七十二种表现，同时造成了不同季节中声、色、味的不同。因此，五音、十二律可以说是关于“气”的量化的另一种表达。
十二律的名称表示着“气”在不同时期的不同表现和不同作用。如：
黄钟：黄者，中之色，钟者，种也。…阳气施种于黄泉，孳萌万物，为六气元也。(《汉书·律历志》)
南吕者，言阳气之旅入藏也。(《史记·律书》)
蕤宾者，言阳始导阴气使继养物也。(《汉书·律历志》)
夹钟者，言阴夹助太簇，宣四方之气而出物种也。(《汉书·律历志》)
⑵时间周期(历)与天地之气的运动相应
古人早就发现，地球特有的时间周期与地球在太阳系的特定位置相关，如昼夜、24节气、四季、年等。昼夜是地球自转的周期。年是地球绕太阳公转的周期。节气和四季的变化是由地轴与公转轨道的夹角造成的。这些时间节律的背后，是地球所受太阳能量辐射的周期性改变，人的生命节律也是由地球的这种特性造成的。因此，天地四时之气的运动变化有着相动一致的特性，人体生理功能节律也随天地四时之气运动变化而改变。
由此，《黄帝内经》依据天地同律的原则创建了的独特的“五运六气”历。这种历法特别注意气候变化、人体生理现象与时间周期的关系，是《内经》学术中时空合一理念的集中表达，从非常广泛的时空角度反映了天地人之统一，反映了人与天之间存在着随应而动和制天而用的统一。
就一年四时而言，“春生、夏长、秋收、冬藏，是气之常也。人亦应之。”(《灵枢·顺气一日分为四时》)人的生理功能活动随春夏秋冬四季的变更而发生生长收藏的相应变化。
就一年十二月而言，“正月二月，天气始言，地气始发，人气在肝。三月四月，天气正方，地气定发，人气在脾。五月六月，天气盛，地气高，人气在头。七月八月，阴气始杀，人气在肺。九月十月，阴气始冰，地气始闭，人气在心。十一月十二月，冰复，地气合，人气在肾。”(《素问·诊要经终论》)随着月份的推移，人气在不同部位发挥作用。
就一日而言，“阳气者，一日而主外，平旦人气生，日中而阳气隆，日西而阳气已虚，气门乃闭。”(《素问·生气通天论》)随着自然界阳气的消长变化，人体的阳气发生相应的改变。
天人同类
我们知道，大谈天人、古今，并寻求其中相通而互感的共同律则，是汉代的时代精神。《汉书·董仲舒传》曰：“天人之征，古今之道也。孔子作春秋，上揆之天道，下质诸人情，参之于古，考之于今。”《素问·气交变大论》曰：“善言天者，必应于人。善言古者，必验于今。善言气者，必彰于物。善言应者，因天地之化。善言化言变者，通神明之理。”
在中国古代哲学中，天人与古今总连在一起，这种把自然哲学与历史哲学混合起来的现象，是中国哲学的重要特点。
但《内经》所强调的人天同类与董仲舒辈的神秘的天人感应不尽相同。《素问·金匮真言论》、《素问·阴阳应象大论》等篇中的五行归类，是根于事物内在的运动方式、状态或显象的同一性。如《素问·金匮真言论》曰：“东方青色，入通于肝，开窍于目……其应四时，上为岁星……其臭臊。”是将在天的方位、季节、气候、星宿、生成数，在地的品类、五谷、五畜、五音、五色、五味、五臭，在人的五藏、五声、五志、病变、病位等进行五行归类，这样就可以通过类别之间“象”的普遍联系，来识别同类运动方式的共同特征及其相互作用规律。是“同气相求”，而不是物质结构的等量齐观。
另，《灵枢·通天》还以阴阳为原则将人分为太阴、少阴、太阳、少阳、阴阳和平五类，认为太阴之人“多阴而无阳”，少阴之人“多阴少阳”，太阳之人“多阳而无阴”，少阳之人“多阳少阴”，阴阳和平之人“阴阳之气和”。这种将先天阴阳之“气”作为人性的基础，是先秦诸子人性论所未涉及的。作为医学著作，《内经》并不太关注人性的社会性以及人性是否可以改变等问题，而是以气论人性，从先天生理因素寻找人性的根据，关注五态之人的发病及其治法，为养生治疗提供理论指导。
天人同构
天人同构是《内经》天人合一观的最粗浅的层面。《内经》认为人的身体结构体现了天地的结构。例如《灵枢·邪客》说：“天圆地方，人头圆足方以应之。天有日月，人有两目。地有九州，人有九窍。天有风雨，人有喜怒。天有雷电，人有音声。天有四时，人有四肢。天有五音，人有五藏。天有六律，人有六府。天有冬夏，人有寒热。天有十日，人有手十指。辰有十二，人有足十指、茎、垂以应之;女子不足二节，以抱人形。天有阴阳，人有夫妻。岁有三百六十五日，人有三百六十节。地有高山，人有肩膝。地有深谷，人有腋腘。地有十二经水，人有十二经脉。地有泉脉，人有卫气。地有草蓂，人有毫毛。天有昼夜，人有卧起。天有列星，人有牙齿。地有小山，人有小节。地有山石，人有高骨。地有林木，人有募筋。地有聚邑，人有蜠肉。岁有十二月，人有十二节。地有四时不生草，人有无子。此人与天地相应者也。”这里把人体形态结构与天地万物一一对应起来。人体的结构可以在自然界中找到相对应的东西，人体仿佛是天地的缩影。其目的在于强调人的存在与自然存在的统一性。