的确，如果单从电影的情节上来讲，《牧马人》确实很容易会让人误以为它只是在讲述一个阔别祖国多年的"父亲"归国寻子，而这个"儿子"却因为难以割舍他所热爱的大草原、爱入骨髓的妻儿、质朴的乡亲们，还有草原的孩子们......而放弃了去美国继承巨额财产的寻常。但是实际上，电影《牧马人》还具有着极其强烈的现实意义和意义，在它格调清新、内容真实、贴近生活不造作的叙事风格里还有着至少三层"深意"。
第一点，是包含着李秀芝与许灵均的真挚爱情在内的"人性美"。刘含怀在《月老的》中提到了很多在爱情中不计一切、质朴动人的人物形象，令人印象深刻，其中就有电影《牧马人》的女主人公"李秀芝"，P130"......你还说过，只要对方'有才学有见识'就可以'不计较工种、地位'，那你能不能像《牧马人》中的李秀芝那样，嫁给一个右派的时候，根本就没有指望他有平反的一天呢......"、P142"前年《中国青年报》评选十个当代青年银幕形象，《牧马人》中的女主人公李秀芝名列第一。李秀芝并不怎么美丽，可她的形象的质朴美和温柔真切的心灵美的统一，在观众中产生了广泛的美感......"。
李秀芝是从四川农村逃难到敕勒川牧场来的，举目无亲，无处安身，善良的郭pia子将她带到了许灵均的小破屋里。秀芝不嫌许灵均是"右派"，"我是个右派。""......你是个好人。"，把他破旧的小屋，收拾得焕然一新，在家脱土坯、盖小房，并养起了鸡、鸭、鸽，成了牧民们眼中的"海陆空"总司令。而许灵均也由衷感激李秀芝对他的'信任和理解，"在我的生活里，忽然闯进了这样一个善良的人。我好像等待了多年的这一天，终于来到了，她对我是这么信任，和我没有一点陌生的感觉。好像她也等待了我好多年。"，爱她，疼惜她，珍惜着眼前这些来之不易的幸福。苏叔阳在给刘含怀《月老的报告》做序时说过这样的一番话，"爱情的维系，应当建立在互相理解的基石上。而理解，是平等观念的体现。"、"......要理解，便要有真诚。"，李秀芝与许灵均之间爱情的理解与真诚也始终体现在电影的每一个角落里、他们日常的每一次相处与对话当中。
这些瞬间尽管都很寻常，却无一不体现着李秀芝的质朴美和温柔真切，以及对许灵均深沉的爱意，她说，"我找到一个家了。"，她还教子清清，"那是爷爷的钱。钱，只有咱们自己挣的，花着才有意义，心里才安逸。像我买盐，我知道，这是我卖鸡蛋挣来的呀，对不对，我买辣子，那是我割稻子挣来的，我给你买小人书，这是我加班打肠得到的钱呐。不是我们自己的钱，一个也不要，这叫志气。"。当然，许灵均最终也没有辜负了李秀芝对他的这番情意，苏叔阳说，"神圣、高贵的爱，应当伴随所有的人走完生命的旅途。"，面对着继承父亲巨额财产的诱惑，他始终挂念着的还是远在草原的妻子李秀芝和儿子清清，他始终清醒的知道对于自己来说什么才是最最珍贵值得珍惜的东西，他在给秀芝的信中写道，"秀芝，我又在想你了。你现在在干什么呢?是和清清疯，还是也在想我......"，送走了父亲之后回到了相濡以沫的妻子身边。很甜。
此外，电影中的"人性美"还体现在草原上与之患难与共的父老乡亲们，以及许灵均与许景由这对父子之间。许灵均21岁时因为出身问题被下放到敕勒川牧场，从此牧场就是他的家，宽广辽阔的天与地就是他的舞台。但他在这儿并没有受到歧视和欺辱，草原上的乡亲们始终善待着他，郭pia子还把他终身的伴侣李秀芝带到了他的身边，为他的生活、婚事、平反......都感到喜悦和祝福，"快吃吧，我家还有一大锅呢。吃饱了饭，不想家。"。而他也在牧场重获新生，不但找到了人的价值，还找到了人的温暖;至于许灵均的父亲许景由，由于封建婚姻与妻子一直不和，后来丢下妻儿离家出走。在许景由走后的第4天，许灵均的母亲就病故了。从此，他孤苦伶仃地生活在这个世界上。30年过去了，许景由为没尽父责，深感内疚，他决心把儿子带回美国，继承遗产。但事实上在这次重逢中，我们并没有见到许灵均的怨恨，他们之间有的只是遗憾而已，"爸爸，我们最后一面，我才十一岁。""三十年。"。所以最后，尽管许灵均选择了回到草原，但许景由也不再勉强儿子跟他走了，他只想见见孙子清清，还嘱托儿子在大陆为他买场墓地，死后他想葬在祖国。就是一个普普通通的老人。
1970年代末，在西北敕勒川牧场做了小半辈子牧马人的小学教师许灵均(朱时茂)一路风尘来到北京饭店，与30年未曾谋面的父亲、旅美华侨企业家许景由(刘琼)见面。当年，追求个人自由的许景由无法忍受与妻子的错误婚姻，丢下妻儿去了美国。此次归来，他有心带许灵均回美国继承事业。
交谈中，许灵均不认为将自己融在集体中、时时以国家利益为重的行为是思想陈旧的表现，对于父亲的舒适生活，他并不艳羡。
回顾自己几十年来所走的道路，虽有幼年成为弃儿、青年被打成右派下放牧场的悲惨经历，却也数次从牧区质朴、善良的乡民身上感受到人间温情，而在艰难岁月中与四川苦命女李秀芝(丛珊)结为夫妻后，许灵均更是尝到苦尽甘来的心酸与甜美。他认为，国家在好不容易迈过“”这个大坎之后，个人更应该同亲朋一起，不离不弃地跟着她走向新生。