由于下面地幔物质的上涌，对固体地壳形成溶蚀和侵蚀，上部的地壳减薄、扩张，一部分物质下陷形成大裂谷。东非大裂谷是世界陆地上最大的断裂带,被称为地球上的伤疤。
东非大裂谷下陷开始于渐新世，主要断裂运动发生在中新世，大幅度错动时期从上新世一直延续到第四纪。北段形成红海，使阿拉伯半岛与非洲大陆分离;马达加斯加岛在几条活动裂谷扩张作用下，也与非洲大陆分裂开。
裂谷分支
这条裂谷带位于非洲东部，南起赞比西河口一带，向北经希雷河谷至马拉维湖(尼亚萨湖)北部分为东西两支。
东支裂谷带
东支裂谷是主裂谷，沿维多利亚湖东侧，向北经坦桑尼亚、肯尼亚中部，穿过埃塞俄比亚高原入红海，再由红海向西北方向延伸抵约旦谷地，
全长近6000千米。这里的裂谷带宽约几十至200公里，谷底大多比较平坦。裂谷两侧是陡峭的断崖，谷底与断崖顶部的高差从几百米到2000米不等。
西支裂谷带
大致沿维多利亚湖西侧由南向北穿过坦噶尼喀湖、基伍湖等一串湖泊，向北逐渐消失，规模比较小，全长1700多公里。东非裂谷带两侧的高原上分布有众多的火山。
如乞力马扎罗山、肯尼亚山、尼拉贡戈火山等，谷底则有呈串珠状的湖泊约30多个。这些湖泊多狭长水深，其中坦噶尼喀湖南北长670千米，东西宽40千米～80千米，是世界上最狭长的湖泊，平均水深达1130米，仅次于北亚的贝加尔湖、红海为世界第三深湖。