目前，我国总分支机构税收征管所涉及的政策规定主要有：《增值税暂行条例》及其实施细则、《中华人民共和国企业所得税法》及实施细则、《关于企业所属机构间移送货物征收增值税问题的通知》（国税发[1998]137号）、《关于进一步加强汇总纳税企业所得税管理的通知》（国税发[20xx]185号）、《关于纳税人以资金结算网络方式收取货款增值税纳税地点问题的通知》（国税函[20xx]802号）、《关于连锁经营企业有关税收问题的通知》（财税[20xx]1号）、《关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法的通知》（国税发〔20xx〕28号）等。这些规范性文件虽然对总分支机构的纳税问题做出了具体规定，但由于总分支机构管理的复杂性，征纳双方容易发生争议。本文通过对总分支机构征管中存在问题的分析，探讨管理对策，并提出审计思路。
一、总分支机构税收征管中存在的问题
1、纳税人税法遵从意识不强自身重视程度不够
主要表现有：
①不主动及时办理税务登记手续；
②办理税务登记后不申报纳税，或者虽申报纳税但申报信息不真实；
③一些总机构利用自身的财务人员或与税务代理所、会计师事务所等中介机构合谋，针对税收征管漏洞，为其总分支机构经营进行不合理的纳税筹划，以达到少缴税或不缴税的目的；
④造假账或者进行账外经营，甚至由分支机构直接向购货方收取货款，并截流提成款，私设小金库，直接造成税款流失；
⑤不按规定提供“总机构已汇总纳税的证明”等。
2、税务机关日常监管不力管理重视程度不够
主要表现为：分支机构所在地税务机关忽视分支机构的税源潜力，管户人员缺位，日常监管措施薄弱，不能经常、有效地对分支机构实施实地巡查，对分支机构是否实际从事生产经营、是否存在涉税异常变化等具体情况不清楚；而总机构所在地税务机关也难以全面掌握分支机构的真实经营状况，管理上是“有心无力”。
3、征纳税双方信息不对称税收管理处于被动地位
一是设立环节，分支机构遍布各地，是否按规定办理税务登记并纳入属地管理是分支机构税源管理的薄弱环节。空挂、失踪或下落不明的分支机构数量多，且“消亡”得比较随意，管理部门对其缺乏约束、缺少制约，分支机构管理呈现随意性。尤其是在异地设立生产车间而不办理证照登记的分支机构“黑户”更是难于控管。
二是经营环节，税务机关难以掌握纳税人异地移送货物的真实经营情况，在信息掌握不全面的情况下，难以区分判断，进而确定其销售收入的真实性。
三是注销环节，一些“挂名”的分支机构，其与总机构间是“松散型”联系，总机构松散管理甚至是不进行管理，这些分支机构是否建账、纳税、购票等，总机构均不过问。部分分支机构在申请办理注销税务登记时，自身不建账，带来管理上的漏洞。
4、税法尚待进一步明确税收管理缺乏有效措施
一是对分支机构资料管理缺乏明确规定。二是对分支机构的具体问题难以有效掌管。主要包括分支机构资金物流的真实状况、总分支机构间转移流转税税负、控制所得税税负问题等。三是对分支机构提供的汇总纳税证明亟须进一步加强管理。现行的汇总纳税证明填写的项目较少、内容不多，不能提供税收征管所须的足够信息。对汇总纳税证明的真伪情况，也有必要采取措施予以核实。
5、缺乏有效信息共享机制部门协调不力
一是目前使用的税收征管软件还难以对征管信息进行全面处理；二是国税与地税之间、总分机构所在地税务机关之间、税务与银行海关工商等部门的信息共享机制尚未建立，无法及时有效互通信息，致使税务机关对纳税人收支状况、纳税申报真实程度的监控非常有限，对异地信息更是难以准确掌握。
二、征管对策及建议
1、完善现有税收法律体系
明确分支机构的管理办法，对不同核算方式，本地或异地的分支机构和总机构，应向所在地税务机关提供何种相关情况证明资料，制定具体的规章制度及征管办法；建议对分支机构为小规模纳税人时适用何种征收率、分支机构获得一般纳税人资格后的建账要求、经营地税务机关的税收管辖权、总分支机构来往费用的判断（可要求总机构提供有关来往费用证明）、无法提供汇总纳税证明的分支机构的企业所得税汇算方法等政策进行明确以方便操作。
2、健全主管税务机关的管理机制
一是抓好税务登记环节。应由总机构出具同意设立分支机构的详细资料，使分支机构所在地税务机关能够掌握总公司的投资情况、生产经营范围、经营期限、产品及服务项目等情况，特别是对分支机构的.业务开展情况和账务往来更能清楚了解。二是严格执行纳税申报制度。分支机构必须在期限内如实办理纳税申报并报送资料，在经营地纳税。三是加强对发票的管理。分支机构需加强发票管理，建立发票的购买、使用、结存、报缴制度，责任到人，并定期检查使用情况。
3、加强与工商部门的协调联系
税务部门应定期到工商部门了解企业设立分支机构的情况，及时掌握所辖责任区内户籍变动情况，对新办分支机构及时纳入税务管理范围，对吊销营业执照的分支机构及时注销税务登记，做到“管户清”。
4、建立总分支机构所在地税务机关协调机制
一是明确分支机构在向总机构申请汇总证明时，由分支机构税务机关对分支机构的经费开支、费用分摊等影响利润的因素进行认真审查，签署意见，出具有关收入数据申报情况的证明，以利于总机构所在地税务机关开展汇算工作；再由总机构据以开具所得税汇总纳税证明。
二是明确分支机构不能提供证明的，在责令限改期满后，由分支机构所在地税务机关予以征税，并且其交纳的税款不得在总机构汇总报税时抵减。
三是增加总机构纳税汇总证明的填写内容，以利于分支机构所在地税务机关开展日常的征管工作。
四是建立总机构责任连带追究机制。对分支机构未按规定履行税收义务的，当然应由总机构承担责任，可以考虑由总机构所在地税务机依据分支机构所在地税务机关提供的合乎法定程序、法定依据、违章事实清楚的处理、处罚决定对总机构实施处理、处罚，并将结果反馈给分支机构所在地税务机关。
三、对总分支机构跨区域审计的思路
1、建立有效的跨区域联合审计的税收管理模式
开展联合税务审计工作能加强税务部门内部横向和纵向的联合，规范税务机关间的协作配合，使税务审计人员开拓思路、提升质效。实行跨区域联合税务审计，应建立联合税务审计领导小组，在工作上实行统一领导、统一部署、统一选户、统一审计、分别处理的“四统一分”原则，强化内部管理与协作，以有效遏制多头下户现象，降低纳税遵从成本，提高纳税服务水平和工作效率。
2、改变跨区域联合审计总分机构同步开展的方法
在统一审计所属时间的基础上，实行先总后分或先分后总的审计安排，其要点是将已审计的总（分）机构的案头审计报告、案头审计底稿、预缴所得税涉及的经营收入、职工工资和资产总额三个因素及其确定的分摊比例等资料，报省（市）局审核同意后，转分（总）机构所在地税务机构开展下一步审计，从而有利于总、分支机构税务机关的协作配合、信息共享，有助于把握税收政策和审计口径的一致性。
在对象选取上，以所得税汇算清缴信息数据为依托，兼顾行业分类、经营规模、亏损盈利等情况，结合日常征管工作中发现的疑点问题，重点挑选收入额较大、但税负偏低的企业，或者在近2—3年期间销售收入不稳定的企业，或者因违反增值税专用发票使用规定而被处罚过的企业作为税务审计对象。
具体实施时，可以分成三个层次实施：第一层次是省局安排审计企业；第二层次是市局安排审计企业；第三层次是简易审计企业。第一、第二层次严格按照《税务审计规程》的程序与要求规范实施审计，第三层次采用简易办法灵活实施审计。
3、针对重点环节实施联合审计
一是针对税务登记环节，重点审计有关总机构出具同意设立分支机构的详细资料，掌握总公司的投资情况、生产经营范围、经营期限、产品及服务项目等情况，掌握分支机构的业务开展情况，掌握总分机构的账务往来与资金往来情况。
二是针对纳税申报环节，重点审计总分支机构的纳税申报情况，主要关注申报资料是否齐全、申报的项目是否完整、是否符合逻辑关系、是否涉及纳税调整等，尤其是缴纳税款数额较大、连续亏损、历年检查中问题较多、财务管理混乱的总分支机构列入审计重点对象。
三是针对发票管理环节，重点审计总分支机构发票购买、使用、结存、报缴各环节情况。审计实务中应关注发票来源是否合法、票据扣除是否符合税法规定等，从根本上改变目前发票管理疏松、混乱的状况。
四是针对税务注销环节，重点审计分支机构在注销时，其资产清算决议、存货的除了、有关税款凭证是否结清、清算公告、以前年度审计报告等情况。
五是针对跨省市总分机构，重点审计总分机构的经营收入、职工工资和资产总额三个因素，及其所确定的分摊所得税款的比例系数。可以审核《所得税汇总纳税分支机构分配表》、审核所备案的总机构信息、上级机构、下属分支机构信息及分支机构注销情况等信息。