肉身殿是典型的宫殿式建筑，坐落于九华山街西神光岭头，周围古木参天，浓荫蔽空。殿宇高15米，山门西南，红墙森严，巍峨雄壮。入殿须登八十一级台阶。站在台阶之下，举引仰望，可见南门厅上方有两块横额。上额书“肉身宝殿”四字，楷书，竖匾四周镶饰立体花边，无署款;下额书“东南第一山”五字，行书，民国八年(1919年)闰七月青阳人施玉藻题。上署“浙江慈裕县信士董东海、董东福久感地藏王威灵，以助夙愿。”
殿前的东西厢房，底层均有房间。入内如平步登楼。东厢数间，为客堂和僧人寮房。西边数间，原为“佛教文物陈列室”。
殿宇面阔3间，进深16米，地平铺汉白玉石。中央为1.8米高的汉白玉塔基，上矗七层八方木质宝塔一座，高17米。塔的.每层八面背有佛龛，每龛均供奉金地藏金色坐像，供56尊，大小不一，以漆芋合塑造于清光绪十二年(1886年)。在塔北门外有个半月形瑶台，台上铸有三座大鼎。其一，置肉身殿北拜台东侧，高120厘米，口径109厘米;其二，置肉宝殿北拜台中，高120厘米，口径109厘米;其三，置肉身殿北拜台西侧，高120厘米，口径109厘米，此处比殿南正门前开阔得多，香客多到此烧香拜佛。
明万历年间朝廷赐银重修塔殿，赐额“护国肉身宝塔”。清康熙二十二年(1683年)池州喻成龙重修殿宇，正殿大门朝北，建有84级台阶。咸丰七年(1857年)大部分殿宇遭兵燹。同治初山洪冲倒殿宇，继又重建。光绪十二年(1886年)开肉身塔大规模重修，移殿门正南向，门额悬挂“东南第一山”横匾。殿南陡建81级台阶。1914年殿宇重修。1917年黎元洪书赠“地藏大愿”匾额。1944-1946年住持僧化雨。1947-1949年住持僧宝严。
1955年和1981年又两次重修。该寺殿宇宏伟，是塔殿式建筑，上盖铁瓦，四角有宫殿式翘檐。殿内汉白玉辅地，塔基上建有七层八方木塔，每层木塔有佛龛供地藏菩萨佛像。全寺建筑面积705平方米。为安徽省重点文物保护单位，全国汉族地区佛教重点寺院。
相传九华山原为青阳县居士闵让和属地。金乔觉向其乞一袈裟地，不意展衣后竟遍覆九峰。闵让和十分惊异，由惊而喜，先让其子拜师，后自己亦随之皈依。至今九华山寺殿中地藏圣像左右的随侍者，即为闵让和父子。金乔觉来山后，居诠在东岸峰的岩洞里(后人称之为“地藏洞”)，岩栖漳汲，过着十分清苦的禅修生活。唐至德二年(757年)山下长老诸葛节等数人结伴登山，一路但见深山峡谷，荆榛莽莽，寂静无人。到得东崖，见岩洞内唯有释地藏孑然一身，闭目端坐，旁边放一折足鼎，鼎中盛有少数白米掺杂观音土煮的剩饭，众长老为有如此苦修之人，而肃然起敬。于是共同筹划兴建禅舍，供养地藏。不到一年时间，一座庙宇建成，地藏有了栖身之地和收留徒众常住寺内的条件。其大弟子、首座僧用瑜，身体力行，斩荆披棘，率众垦荒，凿渠开沟，造水田，种谷物，劳动自给，坚持苦修。建中二年(781年)池州太守张岩，因仰慕地藏，施舍甚厚，并奏请朝廷将“化城：旧额移于该寺。郡内官吏豪族，纷纷以师礼皈依地藏，向化城寺捐献大量财帛。金乔觉，声闻遐尔，连新罗国僧众闻说，也相继渡海来华随侍。
1000多年来，肉身宝殿虽有兴废，但迄今气魄非凡。肉身宝殿建于高台之上，石柱，红墙，铁瓦，汉白玉铺地，正门高悬“东南第一山”匾额。阶。殿中央七层木结构的“地藏塔”，塔基用汉白玉砌成。塔内供奉一百多尊地藏菩萨，正面供“金地藏”塑像，金骑着涉水如飞的“谛听”，左为他的弟子道明，右为道明的父亲闵公。因为道明先入空门，成为父亲的师兄。塔的前后安置着大大小小的地藏塑像，两侧是十殿阎罗拱卫而立。整个大殿庄严肃穆，连游人说话都轻声细语，或者以眼神示意。顺着雕梁画栋的走廊来到殿后，有一个半月形瑶台，墙上贴个大字“布金胜地”。每当地藏圆寂之日，国内外香客都到此朝拜进香和施舍。
公元794年，僧人金乔觉圆寂，享年99岁。依浮屠之法，生殓缸内，葬于神光岭上。三年以后，僧徒围着殓缸造塔，又在宽阔的塔基上兴建殿字，殿顶与塔顶相接。这座“殿中有塔，塔中有缸，缸中有肉身”的殿宇，即是著名的肉身宝殿。
肉身宝殿在九华岭西端的神光岭，万历皇帝赐名“护国肉身宝塔”。地藏菩萨的塑像，端坐在殿内的木质黄金塔内，金光灿灿。宝殿用白玉石铺地，四周环绕精美的石柱和木刻画廊。塔顶，也就是殿顶铺着古代的铁瓦。塔顶正门上悬地藏王誓言：众生度尽，方证菩提;地狱未空，誓不成佛。
一千多年来，肉身宝殿虽有兴废，但迄今气魄非凡。今肉身宝殿系清同治年间所建，筑于高台之上，石柱，红墙，铁瓦，汉白玉铺地，正门高悬“东南第一山”匾额。由地面进入殿内需攀登81级石阶，由肉身殿北大门进入殿内需攀登99级石阶。殿中央“地藏塔”是一座七层木塔，塔基用汉白玉砌成。塔内供奉一百多尊地藏菩萨，正面供“金地藏”塑像，金骑着涉水如飞的“谛听”，左为他的弟子道明，右为道明的父亲闵公。因为道明先入空门，成为父亲的师辈。塔的前后安置着大大小小的地藏塑像，两侧是十殿阎罗拱卫而立。整个大殿庄严肃穆，连游人说话都轻声细语，或者以眼神示意。顺着雕梁画栋的走廊来到殿后，有一个半月形瑶台，墙上贴个大字“布金胜地”。每当地藏圆寂之日，国内外香客都到此朝拜进香和施舍。
佛经记载，夏历七月三十日(月小二十九日)为地藏菩萨圣诞日，传说也为金地藏成道日。历年，九华山僧侣都要在肉身殿举行重大活动，称“地藏法会”，诵《地藏菩萨本愿经》，守地藏肉身塔。法会一般历时七天(夏历七月三十至八月初六日)，圆满之日设斋供众，广结良缘。法会期间，民间有“百子会(团)”等朝山进香。百子会(团)是外地香客为朝拜地藏菩萨道场而自动组织起来的一种会(团)，虔心斋食，然后担着香担，举旗敲锣鱼贯而行，结体入山，凡人数满百人即可组一会，称“百子会”。百子会设香首和副香首。朝山途中香首口诵“南无幽冥教主本尊赦罪地藏王菩萨”，余众接诵“阿弥陀佛”。
凡朝山之众均身着灰布青裤或围一黄色胸兜，上印“进山朝香”四字，一路上香客还给穷苦残疾人施舍钱物。他们白日徒步登山，沿途遇寺庙即烧香拜佛，入夜后除投宿外，都聚向肉身宝殿守地藏塔，携衣巾请盖“地藏利生宝印”。每逢地藏菩萨诞朝，僧众及香客于肉身塔诵经拜菩萨通霄达旦，“常见僧尼和信士一步1一步跪拜塔不止，求其超度亡灵，赦免罪孽，消灾延寿”。百子会人数要求不很严格，二、三十人朝拜九华也可称“百子会”或“小百子会”，逾二百人或近二百人可称“双百子会”。与此相应，各地还有类似会(团)朝山进香，如“万胜老会”、“香山胜会”、“同人老会”等。1978年以来，九华山佛教协会每年都举行“地藏法会”或“祈祷世界和平法会”，悬挂“南无大愿地藏王菩萨法会”飘幡。来山参加地藏法会的港澳同胞、海外侨胞、四众弟子及十方善男信女，逐年增多，同时也吸引了众多游客。
正如宋人陈岩诗赞的那样：“八十四级山头石(现为81级)，风撼塔铃半天语。五百余年地藏坟，众人都向梦中闻。”今日肉身殿，成了朝山进香的香客和游览九华的游人的必到之地。