这本书故事的主要情节是：一天，菊花村发生了一件天大的事儿，引起了菊花村巫婆们的恐慌：许多菊花纷纷凋落，但又不算凋落，因为许多菊花不翼而飞，只剩下枝和叶了。菊花村的巫婆们唯一的`食物就是菊花呀。如果有一天菊花村的菊花不再盛开，那么所有的巫婆都得饿死。于是，巫婆奶奶派菊花小巫婆调查花精灵的去处。
菊花小巫婆找了菊花精灵三天三夜。最后，她终于在一座开满菊花的小房子里找到了它们。原来，菊花精灵都躲到了这些菊花当中，怪不得菊花小巫婆找不到它们，这座房子的主人是一个小女孩，整座大山就他一个人。菊花小巫婆想啊想，最后想出了一个绝妙的好主意，那就是让菊花村的巫婆们都搬到这里来住，这样她们就不会饿死了。
菊花小巫婆用自己的智慧想出了一个两全其美办法，这样既能让小女孩感到温暖，还能让菊花村的巫婆们都不被饿死。在我们眼里，巫婆都是邪恶的，专门做坏事的。今天我认识了一位聪明、可爱、善良的菊花小巫婆，让我知道巫婆并不都是邪恶的，就像住在菊花村的巫婆，让大家改变了对巫婆的看法。
菊花小巫婆可真是一位聪明、可爱而又善良的巫婆啊！