一、使用了非拉丁字母
方案使用了三类非拉定字母：①ü和ê；②四个声调符号；③注音简化式(z, c, s, n这几个字母的顶上加"^"符号)，分别对应双字母zh, ch, sh, ng。
非拉丁字母的使用造成的后果是严重的。它使汉语拼音的使用受到了极大的限制，特别是在计算机出现以后，这个问题表现得就更加地突出。拉丁字母信息处理技术和设备已经发展得相当成熟，如果我们使用了非拉丁字母，我们就不能直接使用很多现存的拉丁字母信息处理技术和设备，我们得另起炉灶或对它们进行改造，这就要花费无数的人力、物力、财力，更重要的是要花费大量宝贵时间。因此，从汉语拼音方案诞生之日起，人们就不断地在想法使其彻底的拉丁化，以适应各种实际应用的需要。
第一类非拉丁字母ü和ê，前者很多人用yu或v代表，后者用得很少，本人未见到过为它设计的拉丁化表示法。
第三类非拉丁字母是本来就可以完全不使用，采用它相应的双拉丁字母形式就行了。从这么多年的汉语拼音实践来看，第三类非拉丁字母可以说是基本没有进入实际使用，人们也没有因为缺了它们而觉得有什么不方便，甚至根本就没有感觉到它们的存在。
然而，第二类非拉丁字母的情况就完全不同了，在方案中也没有相应的拉丁化表示法。怎么办呢？
一种办法是干脆不标声调。但是，不标声调就会产生大量的同音字词，既不能为汉字准确地注音，也难以让人准确地理解不标调的纯拼音写成的文章。汉语是一种声调语言，声调的作用是十分重要的，它和西方语言的轻重音在语言中的地位是很不一样的。例如，在英语中一般的单词只有一个重音，音节较多的单词可能还有次重音，重音有时用来区别词性，但很少用来区别词义，因此不标明重音也很容易记住重音的位置，也不会引起词义的混淆。汉语普通话的每一个音节都有五种可能的声调（阴、阳、上、去、轻）。从理论上说，最常见的双音节词有25种可能的声调搭配形式，三音节词有125种可能的声调搭配式，四音节词有625种可能的声调搭配形式，所以不标声调就难以记住词的准确发音，也会产生大量的同音异义的词，造成人们理解词的意义时发生困难。虽然很多时候根据上下文可以猜想出词的意义，但这种不断的猜想过程加重了人们的阅读负担，拼音文字本身为什么不加上声调，以使人们卸掉这种负担呢？因此，模仿西方文字的作法而不标声调，是肯定行不通的。而且，即使加上了声调，我们仍然还会遇到很多需要分化的单音节词。一般来说，越古老的文章单音节词就越多，出现单音节同音词的概率就越大。我们更不能象有的人那样期待：有朝一日汉语会便成英语那样的无声调语言，以适应不标声调的拼写方法！这岂不是削足适履！
那么，在拉丁化和必须标调的前提下怎样进行标调呢？这就是下面要讨论的问题。
二、字母标调问题
字母标调是汉语拼音发展为拼音文字时需要解决的一个关键性问题。很多人对此进行了精心的研究，其中包括王力、周有光等著名的语言文字学家。王力先生在1985年的《语文现代化》第8期上发表了三种汉语拼音字母标调法。周有光先生在其所著的《拼音化问题》一书中也有两篇论述标调问题的文章。
总的来看，字母标调主要可以采用增加字母、变换字母和省略字母三种方法。
用增加字母的方法标调既可以加在音节末尾，又可以加在声母后面，还可以插在元音和韵尾辅音之间。重复音节中的主要元音字母也可算是一种特殊的加字母标调法。
当然，音节尾部增加字母标调最为简单、直观，只需在相应的汉语拼音音节后面加上一个字母就行了。汉语音节的声调共有五种（包括轻声），每个音节都必定有声调。一般的习惯是只标记非轻声音节，轻声音节的声调标记省略。根据互补原则，不标调的音节肯定就是轻声了。汉语拼音就是采用的这种"标四省一"的标调方式，只不过用的不是字母而是非字母符号而已。省略轻声的方法虽然很直观，但由于汉语的轻声音节很少，使得拼出的音节总的来说拼式过长，所以有人主张再省略标记汉语中最常用的去声（更多的人主张沿用国语罗马字的习惯，不标记阴平音节），以便缩短平均拼式的长度。这样，轻声和去声都未标调，只能靠上下文来加以区别。为了进一步减少用于标调的字母数，很多人同时采用重叠主要元音的方法来标记一个声调。到此为止，声调的标记方法已经变得比较复杂了，对拼式的外貌影响也比较大，然而拼式依旧显得太长，不能让人满意。
三、音节分界问题
如果只用于汉字注音，每个音节都以空格分开，就完全没有音节界线不清楚的问题。但是，汉语拼音拼写普通话是要进行分词连写的，是要单独用来推广普通话的，是要用来作为今后的拼音文字的雏形的，因而必须要能够实行分词连写。要分词连写就要解决如何分清音节之间的界线的问题，因为有的音节连在一起后会产生混淆，产生二义性。汉语拼音采用了以变换字母为主，加隔音符号为辅的音节分界方法。这种方法增加了音节拼式的数量，产生了大量"一韵二形"的情况，降低了拼写的规律性，加大了学习者的记忆量。
由于汉语拼音是用符号标调的，并且倾向于在某些情况下省略调号，因此制定它的音节分界规则时就没有考虑利用声调标记来区分音节界线的问题。
如果考虑用字母标调来分隔音节，汉语拼音就可以只用原形，即可以不用y和w两个字母。这样，也避免了对字母进行变换，形成一韵一形的规整对应。省下的y,w和汉语拼音不用的v就都可用来作为标调符号，可以标识三个声调，还有一个声调用怎样标识呢？似乎可以x将代表声调的功能兼起来，放在音节末尾标调。轻声则可以省略标调。这种方法既解决了汉语拼音拼式变化过多的问题，也解决了音节分界问题，还同时解决了用字母标调的问题，对汉语拼音基本音节的拼写方法也未作大的变动。具体来说，可按字母表中的顺序用v,w,x,y分别表示一、二、三、四声。同时，在必要时用eu和ee代表ü和ê，以实现完全的拉丁化。下面是用这种方式拼写的一小段文章，并与汉字和不标调的汉语拼音作了对照。
四、同音字词的`区分问题
对于现代汉语来说，汉语拼音在完全标调的情况下采用分词连写的方法拼写现代汉语，多音节词的同音词现象是不严重的，基本上没有分化它们的必要，但是单音节词的同音词现象仍然比较严重，有必要在某种程度上加以分化。而对于非现代汉语的文章，越是年代久远，单音节词就越多（很多现在看来不是词的字也变成了词），用汉语拼音拼写出来的同音词也就越多。因此，从继承古代汉字文化的角度来看，不但有必要分化现代汉语的单音节同音词，甚至有必要较好地解决同音字问题。
然而，汉语拼音没有采用字母标调法，它的符号标调法对信息处理来说很不方便。汉语拼音的设计者们当初似乎倾向于在拼写文章时省略标调符号。这样一来，即使拼写现代汉语也会有大量的同音词，既妨碍理解又不易阅读准确，当然更难谈得上区分同音字和拼写古代汉语文章了。如果完全标调，又不便于应用现代化的信息处理技术和设备。这样，如果要想方便地应用现代化的信息处理技术和设备，人们又不得不转向字母标调法的设计。
五、拼式过长问题（效率问题）
即使仅仅作为注音和拼音工具，汉语拼音拼式的长短都是一个不可忽视的问题。况且，汉语拼音还被看成是今后设计拼音文字的基础。作为拼音文字来讲，解决了字母标调问题和实现了彻底拉丁化以后，拼式的长短就是至关重要的了。拼式太长会降低文字作为信息交流工具的效率。
如前面几段所述，字母标调可以附带地在很大的程度上解决音节分界问题、同音词问题，但是这样一来又会导致本来就拼式偏长的汉语拼音的拼式更加冗长。
为了使设计的汉语拼音文字既能彻底拉丁化，又能音节分明，还能充分地区别同音字词，而且又拼式简短，就必须在比以往更高的层次上（即在设计原则上）对汉语拼音方案加以反思，并加以必要的改造。这正是汉拼文力图做到的事情。