公司章程与股东协议的关系
公司章程是指公司章程，是指公司依法制定的、规定公司名称、住所、经营范围、经营管理制度等重大事项的基本文件，也是公司必备的规定公司组织及活动基本规则的书面文件。
股东协议是指公司设立协议，是在公司设立过程中，由发起人订立的关于公司设立事项的协议，性质上属于合伙协议。
公司章程是股东共同一致的意思表示，载明了公司组织和活动的基本准则，是公司的宪章。公司章程具有法定性、真实性、自治性和公开性的基本特征。公司章程是指公司的投资者制定的，对公司、股东、公司的管理人员具有约束力的调整公司内部组织关系和经营行为的自治规则。公司章程具有自治性，对全体股东具有约束力，违反内部事务自治的基本规则——公司章程要承担相关责任。
一、公司章程与公司设立协议的法律关系
公司章程是公司的组织以及运行规范。我国《公司法》第十一条规定：“设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。”因此，公司章程是公司的必备文件，并常常被认为是公司的根本法或“公司宪法”。
公司股东为成立公司而签订的协议书，一般被称为“公司设立协议”。这是在公司设立过程中，由出资人为明确各方之间的权利义务而签署的合同。
公司设立协议与公司章程的目标是一致的，都是为了设立公司。两者在内容上也常有类同或相通之处，例如都约定公司名称、注册资本、经营范围、股东出资与比例、出资形式等等。但是，两者在法律性质和功能上，还是有着巨大的差别：
(一)公司设立协议与公司章程的效力范围不同
根据《公司法》的规定，公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员均具有约束力。也就是说，公司章程的作用范围包括股东、公司以及公司内部组织机构与人员。而公司设立协议仅仅是股东之间的任意性合同，需遵守合同相对性的原则，其作用范围仅限于签约的主体之间。
(二)公司章程是公司必备文件，而公司设立协议则是任意性文件
公司章程是我国公司法强制要求的公司必备文件。没有公司章程，公司就不能成立。而除了外商投资企业要求有合同以及股份有限公司要求有发起人协议外，我国《公司法》并没有要求公司必须具有设立协议。所以，对中小企业最常见的.形态即普通的有限责任公司而言，公司设立协议是任意性文件。
但在现实生活中，投资者之间往往会先就成立公司事项签订一份公司设立协议。这是由于公司设立过程的不确定性所产生的。这种现实状况的存在，导致了投资者往往将公司设立协议视为成立公司最重要的事项，认为签好设立协议就万事大吉，剩下的只是手续问题了，这是一个极大的误区。
(三)公司设立协议与公司章程的效力期限不同
公司设立协议主要是在公司设立期间发生法律效力，所调整的是公司设立过程中的法律关系与法律行为。所以，一般认为公司设立协议的效力期间是从设立行为开始到公司成立为止。而公司章程则自公司设立开始直至公司成立后的整个存续过程，直至公司解散并清算终止时。
二、公司章程与公司设立协议相冲突时的处理
正常情况下，公司章程往往是以设立协议为基础而制定的。设立协议的主要内容，通常都会被公司章程所吸收。在这种情况下，设立协议与章程之间不可能发生冲突。但是，如果公司章程与设立协议发生了冲突，则如何适用呢?
(一)如公司章程中未规定的事项，股东在公司设立协议中予以约定的，该约定对签约的股东继续有效
虽然，公司设立协议一般只约定设立过程中的相关权利义务，但也有一些公司设立协议中会就公司的存续甚至今后解散的相关事项做出约定。这些约定，如果公司章程中没有明确规定，又不违反法律的强制性规定的，则可以继续有效。但其法律效力仅局限在签约的股东之间。
但是，对于《公司法》明确规定“公司章程另有规定的除外”之条款，股东之间如需另行约定的，必须在章程中予以确定，公司设立协议不具备排除法律适用的效力。例如，《公司法》第四十三条： “股东会会议股东按照出资比例行使表决权;但是，公司章程另有规定的除外”。如公司章程中未做特别规定，则即使股东在公司设立协议中约定不按出资比例行使表决权，也不能对抗该法律规定，即股东仍应按出资比例行使表决权。
(二)如设立协议与公司章程发生冲突时，应以公司章程为准
正如前述，公司设立协议的效力期限，一般止于公司成立。也就是说，公司一旦成立，则公司设立协议的效力就终止了，有关公司设立与经营管理的相关事项，均应由公司章程予以规范。
在现实生活中，公司章程大多是在公司设立协议之后签署的。根据法律文件的时间效力判断，也应当以公司章程为准。
另外，公司设立协议是内部协议，除参与签约的股东之外，甚至公司董事等高级管理人员均可能不知其内容。而公司章程是公开文件，我国《公司法》第97条、98条还特别规定，公司公开发行股票或公司债券必须公开披露公司章程。公司章程的公开性，是为了有助于公司投资者、债权人以及交易对象可以了解公司的组织与运行，并据此做出判断。所以，对社会公众而言，章程的效力也必须高于公司设立协议。
在司法实践中，当事人在公司设立之后，再以公司设立协议为依据而提出民事诉讼，要求追究股东出资义务、请求确认设立协议无效而解散公司等等，法院一般都不予以支持。