一、不得排除股东的转让权和股东的优先购买权
公司法第72条规定：“、、、、股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，、、、、经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。、、、、公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。”此条对有限责任公司的股权转让，法律允许公司章程对此作出选择，但不意味着股东会可以排除股东对优先购买权作出购买或者不购买的决定，或者排除股东的转让股权。1、股东的优先购买权不属于经营活动中的需要表决的重大事项，此种选择权与股东有直接利益关系，股东的优先购买权的放弃与否，需要股东本身明确的表示。 2、股东依据出资享有资产收益、参与重大决策和选择管理者等诸项股东权，其中部分股东权是强行法规定的，非经股东同意不得以章程或者股东大会多数表决予以剥夺或者限制，更多的股东权是在不违背公序良俗、强行法的规定和有限公司本质的前提下由章程所规定的。根据公司法法理，股东权的自由转让是股东固有的一项权利，世界各国立法普遍承认股东权的自由转让性，股东权一经设立，除非经合法转让，或由国家强制力予以剥夺，或公司经清算程序予以分配，否则不能被变动。因此，股东权的自由转让原则当解为强行性法律规范中的效力规定，凡违反该原则、限制股东权自由转让的章程条款应归于无效。
所以，公司股东会决议排除股东转让权和优先购买权，不符合法律规定，也损害投反对票的未参加股东会议的股东的合法权益。笔者认为在司法解释中对公司法第72明确阐明，公司章程对股权转让的规定，不得排除股东的优先购买权和股东的转让权。避免控股股东利用公司章程侵害股东的利益。
二、不得恶意损害公司的整体利益
公司行使章程变更的权利，应当是善意的为了公司整体利益。如果公司变更章程的行为出于恶意，不是为了公司整体利益，则变更章程的行为无效。对公司和股东不产生法律效力。公司章程变更是否有善意和利于公司的整体利益，应当根据以下客观的具体情况来判断：1、是否有利于公司的营利，2、是否有利于公司的持续发展，3、是否有利于提高公司的竞争力，4、对公司股东不造成严重损害。公司章程的变更如果对公司某些股东造成不利影响，但只要此种变更行为对公司的整体利益有好处，就应当予以支持。
一些国家和地区的公司法对此作了明确规定。根据我国<<香港公司法>>的规定，变更章程以公司的整体利益为出发点。例如在“权利和发行投资信托有限公司诉史提洛制鞋有限公司”一案中，法院认为公司成员通过的提议是从公司整体利益出发，且在公平情况下通过，故其修改有效。所以，从公司整体利益出发而做出的修改可以不取得个别成员的同意。根据<<英国公司法>>的规定，公司细则的修改受到如下条件的限制：根据普通法规则，公司细则的修改必须是为了公司的整体利益和全体股东的利益。如果公司细则的修改是违反了全体股东的利益，则法院可以根据当事人诉讼请求宣告该修改无效。这一规则可以有效地防止公司无故开除其成员。但如果某公司成员的行为有损于公司，则公司可以基于公司利益和全体股东的利益开除该成员。
我国<<公司法>>对此没有加以此规定，建议<<公司法>>明确规定，公司章程变更应当是善意地为了公司的整体利益，否则该变更无效。如果发生纠纷，建议由人民法院行使自由裁定量权时，应当根据上述几种情况来加以判断是否善意地为了公司的整体利益。
三、不得损害第三人利益
公司章程不是纯粹封闭对内的，公司章程除公司及其成员外还涉及公司以外的第三人，也就是说公司章程具有一定的涉它性。实践中大股东通过不公平条款给收购者设置障碍，以达到反对收购的目的，从而保护自身利益。对第三人利益利益造成损害。因此，公司章程变更时也要考虑到公司以外第三人的利益。防止损害第三人利益的做法有：如果公司债权人对公司章程变更提出异议，登记部门应对登记申请不予批准或延缓批准，并责令公司修改或与债权人协商。再者，由于第三人最为关心的是公司资格、能力以及交易的安全，因此如果公司章程变更涉及公司名称、经营范围及注册资本等资格、能力等方面的改变时，应当要求公司全部或部分地对有关利害关系的第三人公告或通知修改后的`公司章程，以使第三人能够及时了解公司章程的变动，更好地保护自身的利益。笔者认为，由于第三人对公司的了解天然地处于不利的地位，因而更应改保障他们的知情权，否则就根本谈不上保护其利益。因此，防止损害第三人利益最好的方法就是考虑如何及时地使第三人了解公司章程变更的信息。
四、变更章程决议应对出席人数和表决人数的最低限制
公司章程的修改可能涉及公司结构、公司组织及活动的根本规则的变更、不同关系人的利益调整，对公司内外部影响极大。因此，各国公司法均将公司章程的变更规定为特别决议事项，提高通过公司章程修改所需表决权的比例。有限责任公司对变更章程决议，大陆法系国家规定要全体股东同意，如法国、日本、韩国和台湾地区。我国《公司法》第44条规定对包括修改章程在内的一些重大的事项须代表2/3以上表决权的股东通过，笔者认为对那些小股东利益严重损害的条款，控股股东有恶意操纵股东会，对有利益于公司发展应当进行合并而不合并，或应当改变经营方向的而不改变。没有规定出席的股东人数和表决人数的最低限制，这样会容易使一些控股股东轻易的利用多数决操纵会议的决议。例如某公司有限责任公司有12个股东，其中2个是大股东持公司80﹪的股份，其他10个股东各持有2﹪的股份，在章程变更中作出表决那么只要这2个大股东出席，而无须其他10个多数股东即可以通过作出对这少数股东的不利的条款和决议案。多数的小股东只是成摆设根本起不了作用。建议我国《公司法》对有限责任公司变更章程时，涉及条款对小股东有严重损害的，多加一个出席股东人数和表决人数的限制规定，如须有2/3以上股东出席会议和半数以上的人数通过及所持股份总额3/4以上的表决权。避免大股东操纵会议侵害小股东的权益。