概念不同
议案是全国人大代表及有关部门向全国人民代表大会提出的议事原案。这是反映人民意愿、行使代表职权的重要途径。根据全国人民代表大会组织法，全国人民代表大会主席团、全国人大常委会、全国人大各专门委员会、国务院、中央军委、最高人民法院、最高人民检察院，以及参会的一个代表团或者30名以上的代表联名，都可以向全国人民代表大会提出属于全国人大职权范围内的议案。其内容涉及法制建设、经济建设、政治建设、文化建设、社会建设、环境保护等领域。
提案是政协委员、政协各专门委员会和政协各参加单位向人民政协组织，并通过政协组织向人民代表大会或人民政府就有关国家或地方大政方针、社会生活等重大问题提出意见和建议的形式。政协提案实行提出提案的时间不限、内容不限、人数不限的“三不限制”原则。
提出的主体不同
提出议案的主体必须是法律规定的主席团、常务委员会、各专门委员会、本级人民政府，同时代表联合提名可以提出议案。但代表提出的`议案，必须要达到法定的人数，即县级以上人大代表十人以上联名、乡镇的人大代表五人以上联名才有提议案权。而政协提案的主体相对较宽泛，委员个人或者联名、小组或者联组、各党派和人民团体、政协各专门委员会都可以提出提案。
提出的要求不同
在人代会召开期间提出的议案，必须在本级人民代表大会职权范围内，闭会期间向人大常委会提交议案必须在本级人大常委会职权范围内。而政协提案除了格式上有具体的要求外，不受内容限制。
立案的方式不同
地方组织法第十八条规定:“地方各级人民代表大会举行会议的时候，主席团、常务委员会、各专门委员会、本级人民政府，可以向本级人民代表大会提出属于本级人民代表大会职权范围内的议案，由主席团决定提交人民代表大会会议审议，或者并交有关的专门委员会审议、提出报告，再由主席团审议决定提交大会表决。”代表联名提出的议案主席团一般采取三种方式处理:决定列入大会议程;决定不列入大会议程;决定提交有关专门委员会审议，提出是否列入大会议程的意见，再由主席团决定是否列入大会议程。闭会期间向人大常委会提出的议案，须经人大常委会会议审议，并形成相应的决议或决定。而政协提案，只要经过提案委员会审查，符合政协提案工作条例的规定，便予以立案。政协提案提交大会后，设在全国政协机关的大会提案组会第一时间看到，首先对提案进行分类、立案、转信、撤并案。此后，提案还要进行多次审查。主要是看它是否符合立案要求，还要根据提案所提建议，看应交由哪个承办单位来办理。每年两会结束后，一般在3月底，全国政协会举行一场提案交办会，承办单位汇聚而来，各自领回自己的提案。提案进入承办单位后，各单位一般根据提案内容和各个业务司局的职责再进行一次交办，确保让最专业的人去办理提案。提案办理后，会形成一份答复，交到全国政协提案委和提案人手中，这就是办复率。
时限要求不同
议案一般只在人民代表大会和人大常委会会议期间提出，人代会上提交的议案必须在议案截止时间前提出。而政协委员提案，既可在全体会议期间提出，也可在休会期间提出，不受时间限制。
法律效力不同
议案具有法定约束力，承办单位必须执行。政协提案是民主监督的一种形式，没有法律的约束力。