1、细胞中的蛋白质都是在核糖体上合成的，并都是起始于细胞质基质之中。
2、有些蛋白质开始合成后不久，就借助从核糖体大亚基上露出的信号肽与内质网上的受体识别并与之结合，接着信号肽穿过内质网膜，引导新合成的多肽链进入内质网的腔隙中，信号肽随之溶解，使原来表面平滑的内质网变成局部凸起的粗面内质网，这类蛋白质有溶酶体蛋白，分泌到细胞外的蛋白，构成质膜骨架的蛋白。
3、也有一部分蛋白质，像装配线粒体叶绿体膜的蛋白质，以游离状态留在细胞质中，不必进入内质网。进入内质网的蛋白质要发生化学修饰，比如糖基化，羟基化，形成二硫键等，除此之外，新生的多肽还要发生折叠，或者进一步装配成寡聚体。蛋白质从内质网出来后进入高尔基体，进行加工，分类，包装，然后分门别类运送到特定部位或分泌到细胞外。