1、食用菌是异养生物，它要消耗氧气来分解栽培料中的有机质，以获取其生长所需的营养物质；同时分解有机物质时会产生有害的二氧化碳。栽培管理的通风换气既可满足食用菌对氧气的需要，又可排放代谢废物二氧化碳。食用菌菌丝对二氧化碳的耐受能力较强，但出菇阶段二氧化碳浓度过高会影响子实体的发育，造成畸形菇。
2、不同的食用菌菌丝生长的最适温度多在25℃左右；出菇适宜温度一般比菌丝生长温度低。湿度可表现为栽培基料的含水量，一般为55～60%，即干料与水的比例为1：1.2～1.5；对发菌和出菇阶段，湿度主要是空气的相对湿度，可通过在菇棚里悬挂干湿度计来测定。发菌期要求在70%左右；出菇期要求在85%～95%。出菇期一般不能低于65%，否则会影响到子实体形成，但高于95%，容易导致病害的发生。
3、多数食用菌喜欢偏酸环境。菌丝适宜的pH值为5～5.5，大于7则菌丝生长缓慢，8以上则停止生长草菇除外。配制栽培料时加生石灰主要是为了改善基料的pH值，使其偏碱7.5～8，一方面为了防污染；另一方面是为了缓冲菌丝代谢过程中产生的有机酸。多数食用菌耐碱能力较强，在人工栽培过程中可以加生石灰，但有少数食用菌对碱敏感，如猴头菇、香菇、金针菇、黑木耳等人工栽培时最好不加生石灰或少量添加。
4、食用菌发菌阶段一般不需要光照，保持黑暗条件或弱光有利于发菌。但大多数食用菌菌丝生理成熟分化成子实体后，都需要散射光，光照强度可用光度计测量，单位为勒克斯；实践经验表明，对大多数食用菌来说，如在出菇的菇棚内可以看清报纸上的字，就说明光线基本合适。不同菇出菇期对光线要求强度不一样，双孢菇、大肥菇可在完全黑暗条件下生长；灵芝、香菇、滑菇、草菇在完全黑暗的条件下虽能形成子实体，但生长畸形，只长柄，不长盖，也不形成孢子。黑木耳可以说是最喜光食用菌，阳光越晒越黑。