1、二者指代不同：辅修是指兼修本专业以外的任何一个专业；双学位是指修读经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、管理学等不同学科门类的任意两个专业的学位。
2、获取方式不同：辅修是指在修读本专业的前提下，利用学校提供的可以辅修的专业进行修读，辅修相对于二专来说学分要少一点，也可以辅修其他学院的专业，在大部分学校来说辅修只有辅修证；要拿到双学位第二学位证还要选择二专。
3、招生类型不同：辅修大体上对本校学生招生；与之相对应，双学位大体上会招其他学校的本科学生。
4、双学位，广义上是指第二学士学位、与境内外其他大学合作开展的“双学位”项目、辅修学士学位（辅修专业学位）、双学士学位、联合学士学位。在《学士学位授权与授予管理办法》颁布前，通常语境中指辅修专业学位。《办法》颁布后，双学位指双学士学位。